Data from: A new subfamily classification of the Leguminosae based on a taxonomically comprehensive phylogeny
Notice bibliographique
Résumé
The classification of the legume family proposed here addresses the long-known non-monophyly of the traditionally recognised subfamily Caesalpinioideae, by recognising six robustly supported monophyletic subfamilies. This new classification uses as its framework the most comprehensive phylogenetic analyses of legumes to date, based on plastid matK gene sequences, and including near-complete sampling of genera (698 of the currently recognised 765 genera) and ca. 20% (3696) of known species. The matK gene region has been the most widely sequenced across the legumes, and in most legume lineages, this gene region is sufficiently variable to yield well-supported clades. This analysis resolves the same major clades as in other phylogenies of whole plastid and nuclear gene sets (with much sparser taxon sampling). Our analysis improves upon previous studies that have used large phylogenies of the Leguminosae for addressing evolutionary questions, because it maximises generic sampling and provides a phylogenetic tree that is based on a fully curated set of sequences that are vouchered and taxonomically validated. The phylogenetic trees obtained and the underlying data are available to browse and download, facilitating subsequent analyses that require evolutionary trees. Here we propose a new community-endorsed classification of the family that reflects the phylogenetic structure that is consistently resolved and recognises six subfamilies in Leguminosae: a recircumscribed Caesalpinioideae DC., Cercidoideae Legume Phylogeny Working Group (stat. nov.), Detarioideae Burmeist., Dialioideae Legume Phylogeny Working Group (stat. nov.), Duparquetioideae Legume Phylogeny Working Group (stat. nov.), and Papilionoideae DC. The traditionally recognised subfamily Mimosoideae is a distinct clade nested within the recircum-scribed Caesalpinioideae and is referred to informally as the mimosoid clade pending a forthcoming formal tribal and/or clade-based classification of the new Caesalpinioideae. We provide a key for subfamily identification, descriptions with diagnostic charactertistics for the subfamilies, figures illustrating their floral and fruit diversity, and lists of genera by subfamily. This new classification of Leguminosae represents a consensus view of the international legume systematics community; it invokes both compromise and practicality of use.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,045 | 0,042 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».