An Inter-Laboratory Comparison Of Molecular Methods For The Identification Of Nosema Species In Honeybee Samples
Notice bibliographique
Résumé
To evaluate the performance of the molecular methods used by national reference laboratories (NRLs) for the identification of Nosema species in bee samples, an inter-laboratory comparison (ILC) was organised in 2015. A total of 20 EU NRLs and 1 non-European NRL participated in this ILC. The specificity of the methods was tested on various Nosema species: Nosema apis, Nosema ceranae and Nosema bombi. The test panel of samples provided to the laboratories contained 17 suspensions of crushed abdomens from naturally and artificially infected honeybees and bumblebees. In addition, data on the routine methods used by the participating laboratories were collected in an online survey, covering all the steps involved in DNA extraction and PCR. Our analysis showed that the 21 NRLs use 21 different protocols, each presenting variations from the DNA extraction step to the PCR step. The results of this ILC indicate that 48% of the participating laboratories returned the expected results. Considering the 21 different methods used, 57% of participating laboratories provided satisfactory results with regard to sensitivity, and 72% with regard to specificity. The results of this ILC clearly highlight the need for improved harmonisation of molecular Nosema identification methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,069 | 0,050 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».