Transcriptomic examination in diabetic kidney donors and pancreatic grafts
Notice bibliographique
Résumé
The use of diabetic donors for kidney transplantation has increased; however, the question of the transfer of diabetic nephropathy from donor to kidney recipient remains unanswered. Therefore, gene expression profiling using microarray was used to first identify transcripts associated with diabetic nephropathy by comparing kidney donors with (n=43)/without diabetes (n=86). Four intrarenal transcripts (AKR1C2, AKR1B10, NQO1, and SERPINF2) able to discriminate donor diabetes with AUC =0.81 were identified. Their expression 3 months after transplantation from diabetic to non-diabetic recipients normalized. Those transcripts are probably induced by chronic hyperglycemia and might have a protection role against overloading with oxide radicals. Transcriptomic evaluation of rejection in kidneys and hearts using Molecular Microscope? Diagnostic System (MMDx) is available in Transplant laboratory since 2022 and is used in clinical practice. However, MMDx has not been validated for use in pancreatic grafts. The MMDx algorithm for pancreatic grafts will be created in collaboration with Alberta Transplant Applied Genomic Centre and requires large reference set of measured pancreases. IKEM as one of the most active centers in the world, with available MMDx technology, has already analyzed 77 pancreatic samples by MMDx. Only in 11 out of 77, molecular rejection was confirmed using MMDx kidney algorithm. Differential expression analysis between samples with rejection in histology (n=36) vs. no-rejection (n=35), showed upregulation of inflammatory response (p=2.8E-17), antigen-processing and presentation (p=3.7E-14) and regulation of T-cell activation (p=5.3E 14) in samples with rejection. Summary: We were able to detect early diabetic changes on a molecular level in donor kidneys without markable histologic signs of diabetic nephropathy. After transplantation of diabetic donor kidney into non-diabetic recipients, their expression normalized, supporting safety of this approach. Molecular assessment of pancreatic graft showed less rejection than histology, but sample size still needs to be larger to develop valid MMDx algorithm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».