Code and files for : Climatic and evolutionary contexts are required to infer plant life history strategies from functional traits at a global scale. Kelly et al. (2021) Ecology Letters
Notice bibliographique
Résumé
Code and data files for : Climatic and evolutionary contexts are required to infer plant life history strategies from functional traits at a global scale, Ecology Letters, 2021, in press.. By: Ruth Kelly, Kevin Healy, Madhur Anand, Maude Baudraz, Michael Bahn, Bruno E. L. Cerabolini, Johannes H. C. Cornelissen, John M. Dwyer, Andrew L. Jackson, Jens Kattge, Ülo Niinemets, Josep Penuelas, Simon Pierce, Roberto Salguero-Gómez, & Yvonne M. Buckley Code and analysis are described in detail in the main text and supplementary materials of the associated Ecology Letters paper. If you have any questions regarding the R code files you may contact Ruth Kelly at kellyr44@tcd.ie or ruth.kelly@afbini.gov.uk. Data provided herein, represent a derived compilation from multiple data sources, and are primarily provided for transparency and reproducibility of our analyses. The databases we took our original data from are constantly growing and being updated. Therefore, if you want to do further more detailed research in this area we refer you to the following data sources which were invaluable to us. Please cite these original data sources alongside our Ecology Letters paper if you use our compiled dataset in any publication. Further references to trait data used in the compilation of our dataset are given in supplementary information accompanying the main paper. Life history COMPADRE - https://compadre-db.org/ Salguero-Gomez, R., Jones, O.R., Archer, C.R., Buckley, Y.M., Salguero-g, R., Che-castaldo, J., et al. (2015). The COMPADRE Plant Matrix Database : an open online repository for plant demography. J. Ecol., 202–218. Traits TRY - https://www.try-db.org/ Kattge, J., Bönisch, G., Díaz, S., Lavorel, S., Prentice, I.C., Leadley, P., et al. (2020). TRY plant trait database – enhanced coverage and open access. Glob. Chang. Biol., 26, 119–188. Bien - https://bien.nceas.ucsb.edu/bien/ Enquist, B., Condit, R., Peet, R., Schildhauer, M. & Thiers, B. (2016). Cyberinfrastructure for an integrated botanical information network to investigate the ecological impacts of global climate change on plant biodiversity. PeerJ Prepr., e2615v2. Climate http://www.csi.cgiar.org Trabucco, A. & Zomer, R.J. (2009). Global Aridity Index (Global-Aridity) and Global Potential Evapo-Transpiration (Global-PET) Geospatial Database. CGIAR Consort. Spat. Information. http://www.worldclim.org Fick, S.E. & Hijmans, R.J. (2017). WorldClim 2: new 1‐km spatial resolution climate surfaces for global land areas. Int. J. Climatol., 37, 4302–4315. The phylogeny used here is an edited subset of: Zanne, Amy E. et al. (2014), Data from: Three keys to the radiation of angiosperms into freezing environments, Dryad, Dataset, https://doi.org/10.5061/dryad.63q27
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,026 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,355 | 0,379 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».