Datasets from the work: "Functional single nucleotide polymorphisms in CACNA2D3 and other autophagy-related genes are associated with leprosy among Brazilians."
Notice bibliographique
Résumé
The data deposited here come from the work entitled "Functional single nucleotide polymorphisms in CACNA2D3 and other autophagy-related genes are associated with leprosy among Brazilians." by Isabela Espasandin1*, Cynthia Chester Cardoso2, Thyago Leal-Calvo3, Mayara Abud Mendes1, Ana Carla Pereira Latini4, Samuel Henrique Malcher de Castro5, André Luiz Leturiondo5, Ohanna C. L. Bezerra6, Roberta Olmo Pinheiro1, Anna Maria Sales1, Milton Ozório Moraes1†¶ and Fernanda de Souza Gomes Kehdy1¶ 1 Leprosy Laboratory, Oswaldo Cruz Institute/FIOCRUZ, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil2 Molecular Virology Laboratory, Department of Genetics, Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil3 University of California Berkeley, Innovative Genomics Institute, Berkeley, California, USA4 Research and Teaching Division, Lauro de Souza Lima Institute, Bauru, São Paulo, Brazil5 Laboratory of Molecular Biology, Alfredo da Matta Hospital Foundation, Manaus, Amazonas, Brazil6 Dalla Lana School of Public Health, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada* Corresponding authorEmail: isabela.espasandin@gmail.com† Deceased¶ These authors contributed equally to this work and are sharing the last authorship. The zipped folder contains 5 files:- the dataset used in the case-control association analysis for the population of Rio de Janeiro, containing all the variables mentioned in the article (genotypes_dataset_riodejaneiro.csv);- the dataset used in the case-control association analysis for the population of Manaus, containing all the variables mentioned in the article (genotypes_dataset_manaus.csv);- the dataset used in the case-control association analysis for the population of Rondonopolis, containing all the variables mentioned in the article (genotypes_dataset_rondonopolis.csv);- the dataset used for the expression analyses involving skin biopsies, as described and containing all the variables mentioned in the article (expression_RNAseq_skinbiopsies_data.xlsx);- the dataset used for the expression analyses involving whole blood samples (paxgene), as described and containing all the variables mentioned in the article (expression_qPCR_paxgene_totalblood_data.xlsx);- the dataset used for the expression analyses involving macrophages before and after infection with live M. leprae, as described and containing all the variables mentioned in the article (expression_macrophages_CACNA2D3_data.xlsx);
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,054 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».