Ex vivo susceptibility and molecular signature assessment of antimalarial-based combination therapies (ACT) partner drugs resistance in Senegal
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Over the last decades, Plasmodium falciparum – the main causative agent of malaria – has constantly developed resistance to antimalarial drugs such as chloroquine, sulfadoxine-pyrimethamine or artemisinin derivatives. Therefore, active surveillance in the ex vivo susceptibility to the antimalarial drugs used as partner drugs in artemisinin-based combination therapies (the current frontline antimalarial) such as amodiaquine, lumefantrine or piperaquine, is essential. Methods Here, we evaluated the ex vivo susceptibility, expressed with the ex vivo SYBR™ Green, to six antimalarial drugs (amodiaquine, chloroquine, lumefantrine, mefloquine, piperaquine and quinine) from 34 P. falciparum isolates collected in 2018 in Thiès (Senegal). Whole-genome sequencing (WGS) was used to search for mutations in P. falciparum genes known to be associated with drug resistance. Results P. falciparum isolates showed reduced ex vivo susceptibility only to chloroquine (16% of the isolates). Mutations in pfcrt K76T (21%) and pfmdr1 Y184F (53%) were the most prevalent. A significant correlation was observed between the mutants pfcrt 76T and pfmdr1 184F and IC 50 values for chloroquine. A significant decrease in ex vivo susceptibility to chloroquine and quinine associated with the pfcrt R371I was also detected ( P < 0.001) . Conclusion Our results suggest that the ex vivo susceptibility of P. falciparum isolates to amodiaquine, lumefantrine, mefloquine, piperaquine and quinine remains high in Thiès. Directly measuring ex vivo parasite drug response and sequencing resistance mutations overtime are both useful tools for monitoring parasite drug response in field samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».