Additional file 1 of Transcriptomic evidence for visual adaptation during the aquatic to terrestrial metamorphosis in leopard frogs
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Principal components analysis (PCA) plot of rlog transformed counts from the A) transcriptome-wide and B) vision gene coding sequence analyses illustrating the outlier juvenile, dark exposed sample. Figure S2. Enrichment of Gene ontology (GO) terms. Figure S3. Principal components analysis plot of rlog transformed counts of visual gene coding sequences. Figure S4. Spectral sensitivity of photoreceptors detected through microspectrophotometry in (A) one tadpole and (B) one adult Lithobates sphenocephalus. Figure S5. Examples of raw microspectrophotometry data and raw Gaussian fits (coloured and transparent) and Govardovskii et al. [55] template fits (black and non-transparent) for each cell and pigment type found in the tadpole (A–C) and adult (D–G) Lithobates sphenocephalus. Figure S6. Examples of raw microspectrophotometry data and raw Gaussian fits (cyan) and Govardovskii et al. [55] template fits (black) for RH1 ‘red’ rods in Lithobates sphenocephalus adults where the A2 template (solid) was a better fit than the A1 template (dashed). Figure S7. Expression profiles of significantly differentially expressed cone and rod phototransduction genes between tadpoles and juveniles. Figure S8. Comparison of averaged cross-normalized expression levels (TMM) for each major crystallin type. Figure S9. Expression profiles of taxon-specific lens crystallin genes that have not specifically been identified in frogs and that differ substantially between tadpole and adults (adjusted P-value < 0.05; Additional file 6). Figure S10. Comparison of averaged refractive increment index (dn/dc) for each major crystallin type. Table S1. Sample information and read counts for the frogs used in the RNA-seq analyses. Table S2. Summary data from fits of individual photoreceptor scans from one Lithobates sphenocephalus tadpole (n = 41) and one adult (n = 33) to visual pigment templates from Govardovskii et al. [55]. Table S3. Cross-normalized expression values (TMM) and computationally estimated refractive index increment (dn/dc) values for the ubiquitous and known frog taxon-specific specific crystallins.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,786 | 0,138 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».