Additional file 4 of Analysis of early childhood intestinal microbial dynamics in a continuous-flow bioreactor
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 4: Figure 3. Family-level collapsed bacterial communities for fecal and fecal-derived chemostats of all seven fecal samples: Relative abundances of amplicon sequence variants (ASV) that represent bacterial composition were identified by Illumina MiSeq 16S rRNA gene sequencing from fecal samples and longitudinal chemostat communities of seven healthy 18-24-month-old participants. ASV relative abundances were collapsed according to highest-likelihood family-level taxanomic classification via BLAST. Alluvial plots show the relative abundance of bacterial families identified on the fecal sample (day 0) and the chemostat culture over time from NS0 (a) and NS1 (b), S2 (c), S3 (d), NS4 (e), S5 (f) and NS6 (g) individuals. Colors represent bacterial families; families are ordered alphabetically by phyla name, then family name. Families appear in each corresponding legend in the same order as in the plot. Families with <1% relative abundance in the samples shown are plotted in grey.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,932 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».