Additional file 1 of Transplantation of bacteriophages from ulcerative colitis patients shifts the gut bacteriome and exacerbates the severity of DSS colitis
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Supplementary Figure S1. Virome analyses on inoculum and mouse VLPs. Related to Figs. 2 and 5. Supplementary Figure S2. Experimental colitis severity of UC-HMA and healthy-HMA mice given a single dose of healthy or UC VLPs. Related to Fig. 3. Supplementary Figure S3. Viral and bacterial abundance in UC-HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 4. Supplementary Figure S4. Viral and bacterial abundance in UC-HMA mice given intact or heat-killed UC VLPs. Related to Fig. 4. Supplementary Figure S5. Bacterial activity in HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 4. Supplementary Figure S6. Bacterial damage in HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 4. Supplementary Figure S7. Richness of viral scaffolds and viral clusters in UC-HMA mice given healthy or UC VLPs. Related to Fig. 5. Supplementary Figure S8. Jaccard distance to pooled healthy and UC VLP inoculums over time in UC-HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 5. Supplementary Figure S9. NMDS on Bray-Curtis dissimilarity of viral clusters between UC-HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 5. Supplementary Figure S10. PCoA on weighted UniFrac distance between UC-HMA mice given UC or healthy VLPs. Related to Fig. 6. Supplementary Figure S11. PCoA on weighted UniFrac distance between UC-HMA mice given UC VLPs or heat-killed UC VLPs. Related to Fig. 6. Supplementary Figure S12. Relative abundance of temperate phages. Related to Fig. 6. Supplementary Figure S13. DSS does not induce UC gut bacterial prophages in vitro. Related to Fig. 6. Supplementary Figure S14. Human microbiota protects mice from experimental colitis. Related to Fig. 7. Supplementary Table S2. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distances of bacterial communities between UC-HMA mice given a single dose of healthy VLPs or UC VLPs. Related to Fig. 3. Supplementary Table S3. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distances of bacterial communities between healthy-HMA mice given a single dose of healthy VLPs or UC VLPs at each sampling point. Related to Fig. 3. Supplementary Table S4. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distances of bacterial communities between UC-HMA mice and healthy-HMA mice at each sampling point. Related to Fig. 3. Supplementary Table S7. PERMANOVA and effect size of Bray-Curtis dissimilarity on viral scaffolds and viral clusters between UC-HMA mice given healthy and UC VLPs. Related to Fig. 5. Supplementary Table S9. Differentially abundant bacterial species during in HMA mice given healthy VLPs, UC VLPs, or PBS. Related to Fig. 6. Supplementary Table S10. Differentially abundant bacterial species in HMA mice given UC VLPs (+/- DSS), or heat-killed UC VLPs. Related to Fig. 6. Supplementary Table S11. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distance on bacterial communities between UC-HMA mice given healthy VLPs, UC VLPs or PBS at each sampling point. Related to Fig. 5. Supplementary Table S12. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distance on bacterial communities between UC-HMA mice given healthy VLPs, UC VLPs or PBS at each sampling point. Related to Fig. 5. Supplementary Table S13. PERMANOVA and effect size of weighted UniFrac distance on bacterial communities between UC-HMA mice given UC VLPs (+DSS), UC VLPs (-DSS) or heat-killed UC VLPs (+DSS) at each sampling point. Related to Fig. 5.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,886 | 0,194 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».