Alterations to the bovine bacterial ocular surface microbiome in the context of infectious bovine keratoconjunctivitis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Infectious bovine keratoconjunctivitis (IBK) is a common cause of morbidity in cattle, resulting in significant economic losses. This study aimed to characterize the bovine bacterial ocular surface microbiome (OSM) through conjunctival swab samples from Normal eyes and eyes with naturally acquired, active IBK across populations of cattle using a three-part approach, including bacterial culture, relative abundance (RA, 16 S rRNA gene sequencing), and semi-quantitative random forest modeling (real-time polymerase chain reaction (RT-PCR)). Results Conjunctival swab samples were obtained from eyes individually classified as Normal (n = 376) or IBK (n = 228) based on clinical signs. Cattle unaffected by IBK and the unaffected eye in cattle with contralateral IBK were used to obtain Normal eye samples. Moraxella bovis was cultured from similar proportions of IBK (7/228, 3.07%) and Normal eyes (1/159, 0.63%) (p = 0.1481). Moraxella bovoculi was cultured more frequently (p < 0.0001) in IBK (59/228, 25.88%) than Normal (7/159, 4.40%) eyes. RA (via 16 S rRNA gene sequencing) of Actinobacteriota was significantly higher in Normal eyes (p = 0.0045). Corynebacterium variabile and Corynebacterium stationis (Actinobacteriota) were detected at significantly higher RA (p = 0.0008, p = 0.0025 respectively) in Normal eyes. Rothia nasimurium (Actinobacteriota) was detected at significantly higher RA in IBK eyes (p < 0.0001). Alpha-diversity index was not significantly different between IBK and Normal eyes (p > 0.05). Alpha-diversity indices for geographic location (p < 0.001), age (p < 0.0001), sex (p < 0.05) and breed (p < 0.01) and beta-diversity indices for geographic location (p < 0.001), disease status (p < 0.01), age (p < 0.001), sex (p < 0.001) and breed (p < 0.001) were significantly different between groups. Modeling of RT-PCR values reliably categorized the microbiome of IBK and Normal eyes; primers for Moraxella bovoculi, Moraxella bovis, and Staphylococcus spp. were consistently the most significant canonical variables in these models. Conclusions The results provide further evidence that multiple elements of the bovine bacterial OSM are altered in the context of IBK, indicating the involvement of a variety of bacteria in addition to Moraxella bovis, including Moraxella bovoculi and R. nasimurium, among others. Actinobacteriota RA is altered in IBK, providing possible opportunities for novel therapeutic interventions. While RT-PCR modeling provided limited further support for the involvement of Moraxella bovis in IBK, this was not overtly reflected in culture or RA results. Results also highlight the influence of geographic location and breed type (dairy or beef) on the bovine bacterial OSM. RT-PCR modeling reliably categorized samples as IBK or Normal.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».