Additional file 1 of Homozygote CRIM1 variant is associated with thiopurine-induced neutropenia in leukemic patients with both wildtype NUDT15 and TPMT
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Evaluation of 12 candidate variants from the discovery cohort (N = 188) by using the replication cohort (N = 52) for both NUDT15 and TPMT wild-type subjects. Table S2. Evaluation of frequency distributions of CRIM1 rs3821169 genotypes across different cutoffs of the last-cycle 6-mercaptopurine dose intensity percentage tolerated by pediatric acute lymphoblastic leukemia subjects. Figure S1. Improvement of prediction accuracy of GVBNUDT15,TPMT for thiopurine toxicity after controlling for homozygote carriers of CRIM1 rs3821169. Figure S2. Prediction accuracies of GVBNUDT15,CRIM1 and GVBTPMT,CRIM1 for thiopurine toxicity in pediatric ALL subjects. Figure S3. Prediction accuracies of GVBNUDT15,TPMT,CRIM1 for thiopurine toxicity in pediatric ALL subjects. Figure S4. Prediction accuracy of GVBCRIM1 for thiopurine toxicity in pediatric ALL subjects. Figure S5. Prediction accuracy of GVBNUDT15 for thiopurine toxicity in pediatric ALL subjects. Figure S6. Prediction accuracy of GVBTPMT for thiopurine toxicity in pediatric ALL subjects. Figure S7. Youden’s index to find the optimal thresholds for GVBNUDT15,TPMT and GVBNUDT15,TPMT,CRIM1. Figure S8. Comparison of CRIM1 mRNA expression levels of rs3821169 carriers and noncarriers in hematopoietic and lymphoid tissue. Figure S9. Results of Sanger sequencing for the two NUDT15 variants identified via whole exome sequencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,794 | 0,066 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».