Additional file 1 of Gene coexpression networks reveal molecular interactions underlying cichlid jaw modularity
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Schematic depiction of the dissection strategy utilised in this study. Red dotted lines mark the cuts made. RNA from oral jaws (upper + lower) and the lower pharyngeal jaw were separately extracted. The dissection included the following tissues: bone, cartilage, teeth, muscle, tendons, fat, and blood vessels. Figure S2. Conditional coexpression analysis: fitting scale free topology to establish softpower for constructing the separate OJA and LPJA adjacency matrices. Softpower of 18 was chosen for both. Figure S3. Global coexpression analysis: fitting scale free topology to establish softpower for constructing jaw adjacency matrices with OJA and PJA data together. Softpower of 6 was chosen. Figure S4. Conditional coexpression analysis: Preservation of modules in the GCNs underlying oral (OJA) and lower pharyngeal jaws (LPJA). a Preservation of genes found in LPJA modules in the OJA coexpression network calculated by a Zsummary statistic based on a permutation test that takes into account the connectivity and density of genes in a module. Zsummary < 2 represents lack of preservation (dotted blue line). Zsummary between 2 and 10 implies moderate preservation. Zsummary > 10 supports strong preservation of module. b Visual representation of module preservation. Top: LPJA modules in the LPJA GCN. Bottom: LPJA modules in the OJA GCN. Figure S5. Global coexpression analysis: Gene co-expression network of the oral and pharyngeal jaws. Dendrograms produced by average linkage hierarchical clustering of 16,669 genes based on topological overlap matrix (TOM). Modules within the network were assigned colours based on the horizontal bar underneath the dendrogram. Figure S6. Global coexpression analysis: Barplot of mean trait-based gene significance across modules in the oral and pharyngeal jaw co-expression network. Figure S7. Global coexpression analysis: Per module gene significance and connectivity in the oral and pharyngeal jaw co-expression network and connectivity in the oral and pharyngeal jaw coexpression network. Figure S8. Global coexpression analysis: enriched pathways in Black and Purple species-specific gene expression modules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,839 | 0,144 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».