Additional file 1 of Fine dissection of limber pine resistance to Cronartium ribicola using targeted sequencing of the NLR family
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Distribution of minor allele frequency (MAF) of SNP loci detected in limber pine resistant gene analogs (RGAs). Fig. S2. SNP frequencies of limber pine resistance gene analogs (RGAs). Fig. S3. Sequencing depth of SNP loci in individual samples. The percentages of total SNPs (x-axis) have a coverage of a certain depth (y-axis). SNP depth was assessed in each individual of seed family LJ-112. The plot displays data for SNPs (967) with MAF ≥ 0.3 and about 70% of them have a minimum depth at 10 x in all samples except one. Fig. S4. The extent of missing data for 967 SNP loci in 96 individual samples of seed family LJ-112. Individual samples with missing data were calculated as a percentage of the total (y-axis) and plotted across the cumulative total SNPs (x-axis). Over 80% of total SNPs showed missing data in less than 10% of total individual samples. Fig. S5. Correlation of SNP positions of the same NLR gene mapped on the same linkage groups (LGs) by both Fluidigm amplicon-bases targeted-seq (TS) and whole exome-seq (WES). (a) Comparison of TS and WES in seed family LJ-112; (b) comparison of TS and WES between seed families LJ-112 and PHA-106. Fig. S6. Physical distances (bp) of paired SNPs mapped by Fluidigm amplicon-bases targeted-seq (TS) and whole exome-seq (WES). Fig. S7. Identification of NLR alleles significantly associated with MGR-conferred phenotypes using extreme-phenotype genome-wide association study (XP-GWAS). (a) Quantile–quantile plot of the test statistic: 5608 SNPs detected in 354 RGAs with coverage > 50 were subjected to association analysis. (b) Manhattan plot: top SNPs were selected for each genes and plotted against genetic maps of 12 linkage groups, and those genes not mapped so far were included as a separate group. Significant threshold value (p = 1.69 × 10− 4) is presented by a horizontal dash line.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,835 | 0,165 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».