Additional file 1 of Control of vein-forming, striped gene expression by auxin signaling
Notice bibliographique
Résumé
Additional File 1: Figure S1. ATHB8-, SHR-, and MP-Promoter-Driven Expression. (A–F) First leaves 4 DAG. Confocal laser scanning microscopy. Dashed white line: leaf outline. Top right: genotype. Bottom left: reproducibility index (number of samples with the displayed features / number of analyzed samples). (C) Co-expression of ATHB8::nCFP and SHR::nYFP during second loop formation. (E,F) Look-up table — ramp in G — visualizes YFP expression levels; blue: autofluorescence. Scale bars: (A,B,D–F) 25 μm; (C) 10 μm. Figure S2. MP::MP:YFP and MP::MP Functionalities in Vein Network Formation. Dark-field illumination of cleared first leaves 14 DAG. Top right: genotype. Scale bars: 0.5 mm. Figure S3. ATHB8 Expression Domains and MP and RIBO Expression Levels. First leaves 4 DAG. Confocal laser scanning microscopy. Top right: reporter. Dashed green outline: second loop nuclei expressing ATHB8::nCFP (A,B) or ATHB8::nYFP (D,E). (B,E) Look-up table — ramp in C — visualizes expression levels. Scale bars (shown, for simplicity, only in A and D): 5 μm. Figure S4. ATHB8 Expression Domains and RIBO Expression Levels. (A–E) First leaves 4 DAG. (A) Schematic of 4-DAG leaf — imaged in B–E — illustrating onset of ATHB8 expression (red) — imaged in B — associated with second loop formation [16, 22, 44]. Increasingly darker gray: progressively older ATHB8 expression domains. (B–E) Confocal laser scanning microscopy. (B) ATHB8::nYFP expression. (C) RIBO::nCFP expression. (D) Autofluorescence. (E) Overlay of images in B–D; red: ATHB8::nYFP expression; green: RIBO::nCFP expression; blue: autofluorescence. (F) RIBO::nCFP expression levels (mean ± SE) in nuclei at positions -2, -1, +1, and +2 — as defined in legend to Fig. 2 — relative to RIBO::nCFP expression levels in nuclei at position 0 — as defined in legend to Fig. 2 — during second loop formation. Difference between RIBO::nCFP expression levels in nuclei at position -2 or -1 and RIBO::nCFP expression levels in nuclei at position 0 was significant at P < 0.001 (***) by One-Way ANOVA and Tukey’s Pairwise test. Sample population sizes: 27 leaves; position -2, 42 nuclei; position -1, 64 nuclei; position 0, 69 nuclei; position +1, 50 nuclei; position +2, 28 nuclei. Scale bars (shown, for simplicity, only in column 2): 5 μm. Figure S5. mp-11 and MP::MP Effects on MP Expression. MP transcript levels in mp-11 and MP::MP seedlings relative to MP transcript levels in WT (mean ± SE of three technical replicates for each of three biological replicates). Seedlings 4 DAG. RT-qPCR. Difference between mp-11 and WT, and between MP::MP and WT was significant at P < 0.001 (***) by F-test and t-test with Bonferroni correction. Figure S6. ATHB8 Expression Domains and Levels in iaa12-1 and MP::VP16:bdlΔI;iaa12-1. (A,B) First leaves 4 DAG. Confocal laser scanning microscopy. Dashed white line: leaf outline. ATHB8::nYFP expression (look-up table — ramp in C — visualizes expression levels). Top right: genotype. Bottom left: reproducibility index (number of samples with the displayed features / number of analyzed samples). Scale bars: (A,B) 25 μm. Figure S7. Summary and Interpretation. A three-gene incoherent type-I feedforward loop [77] activates ATHB8 expression in narrow preprocambial stripes and leads to vein formation. MP receives the auxin input and activates expression of intermediate-loop AUX/IAA genes, which in turn inhibit MP expression [60, 64]. MP and AUX/IAA genes jointly regulate expression of the stripe gene ATHB8, which converts the auxin input into vein formation output. Arrows indicate positive effects. Blunt-ended lines indicate negative effects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,895 | 0,271 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».