Additional file 1 of Seasonal stability of the rumen microbiome contributes to the adaptation patterns to extreme environmental conditions in grazing yak and cattle
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Pasture’s chemical composition at different seasons (on dry matter basis). Table S2. Summary of sequence data generated from rumen samples of grazing yak (n=6) and cattle (n=6). Table S3. Rumen bacterial composition at the phylum level between grazing yak and cattle under different seasons. Table S4. Rumen bacterial composition at species level between grazing yak and cattle at different seasons. Table S5. Rumen archaeal composition at the phylum level between grazing yak and cattle under different seasons. Table S6. Rumen archaeal composition at species level between grazing yak and cattle at different seasons. Table S7. Composition of metabolic pathways based on the first-level and second-level functions in the KEGG. Table S8. Rumen CAZyme profiles between grazing yak and cattle at different seasons. Table S9. The origin of CAZymes in the species of ruminal bacteria. Table S10. ARGs profiles between grazing yak and cattle at different seasons. Table S11. The origin of ARGs in the species of rumen bacteria. Table S12. The information of rumen bacteria that carry both CAZymes and ARGs. Table S13. The rumen metagenomes analyzed in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,444 | 0,070 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».