Additional file 6 of Identification of the distribution of human endogenous retroviruses K (HML-2) by PCR-based target enrichment sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 6: Fig. S4. Verification of polymorphic loci. Selected polymorphic loci detected by PTESHK were verified using specific primers (Additional file 5: Table S2) and separated on a 1.5% agarose gel. Primer pairs F1/R1 were used for the primary PCR performed as follows: 95 °C for 3 min; 30 cycles of 95 °C for 30 s, 52 °C for 30 s, 72 °C for 1 min per kb of the product, and a final extension step at 72 °C for 10 min. Primer pairs F2/R2 were used for the nested PCR, except 4 loci using 5LTR2 as one of the nested PCR primers (Additional file 5: Table S2). The PCR procedure was performed as follows: 95 °C for 3 min; 6 cycles of 95 °C for 30 s, 60 °C for 30 s, decreasing of 1 °C every cycle, 72 °C for 1 min per kb of the product; 30 cycles of 95 °C for 30 s, 58 °C for 30 s, 72 °C for 1 min per kb of the product, and a final extension step at 72 °C for 10 min. Among all 14 polymorphic loci, 12 loci could be verified, except for 12p12d and 6p21.32a, which may be caused by either their location in a repeat element or a provirus integration where the length of the products were too long to amplify. For 6p21.32b and 19p12b, the results were partly confirmed, as 6p21.32b of Y and 19p12b of W were not amplified. This may be caused by the difference in DNA or experimental error.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,864 | 0,209 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».