Additional file 10 of A 3D human iPSC-derived multi-cell type neurosphere system to model cellular responses to chronic amyloidosis
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 10: Figure S10: Neuronal gene expression changes during chronic amyloidosis in the presence of hiMG include APOE. A: Isolated neuronal cell populations from snRNA-seq on hiNSin ctrl, 3w and 5w Aβ conditions. Merged UMAPs of all 6 experimental groups displaying excitatory neuronsand inhibitory neurons. Note that the majority of 5w Aβ hiNSneurons cluster together in the individual neuronal populations. B: Quantification of total neuronal nuclei count in all 6 experimental groups. Note that only few neurons remain after chronic amyloidosis in the absence of hiMG. C: UMAP overlay of the three most significant DEGs APOE, SPP1 and FTL. Cell populations enriched with 5w Aβ hiNSneurons are encircled in dashed black lines. D: Heatmap depicting the top 15 most significant DEGs in 5w Aβ hiNSneurons, with APOE being the most significant upregulated gene. E: Neuronal gene ontology analysis in 3w/5w Aβ hiNSneurons. F: Direct comparison of neuronal DEGs depending on Ab or hiMG for ctrl and 3w Aβ hiNS shown in volcano plots. Top 10 DEGs in respect to fold change and/or adjusted pvalue are labeled. Note that AD-associated genes, such as CCL2, STAT3 and VIM, are only upregulated if hiMG were present during Aβ treatment
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,774 | 0,177 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».