Additional file 2 of Polysaccharide utilization loci-driven enzyme discovery reveals BD-FAE: a bifunctional feruloyl and acetyl xylan esterase active on complex natural xylans
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2. Additional data of BD-FAE biochemical characterization including Table S2. List of all pNP-glycosides, pNP-Ac and polymeric substrates used for initial screening of BD-FAE. Figure S1. (A) SDS-PAGE of purified BD-FAE and its truncated form, (B) pH optimum of BD-FAE, and (C) kinetic parameters of BD-FAE. Figure S2. Oligomerization state of BD-FAE (A) by native mass spectrometry, (B) by dynamic light scattering, and (C + D) by size exclusion chromatography. Figure S3. Initial screening of BD-FAE on pNP-glycosides and pNP-Ac. Table S3. Comparison of kinetic parameters of carbohydrate esterases on pNP-acetate. Figure S4. MALDI-TOF spectra before (A) and after (B) incubating BD-FAE on X2Ac4. Figure S5. Glucuronoyl esterase activity of BD-FAE. Table S4. Average absorbance values for enzyme incubation, buffer-, enzyme -, and substrate blanks corresponding to the results of photometric assays shown in Fig. 5A-B.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,840 | 0,207 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».