Additional file 1 of TRIM25 promotes Capicua degradation independently of ERK in the absence of ATXN1L
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1 Loss of ATXN1L results in CIC instability. A) Representative Western blot of FLAG immunoprecipitation of FLAG-tagged wildtype ATXN1L and mutant ATXN1L-V485A in HEK cells. B) Representative Western blot of cellular fractionation across a sucrose gradient of 20–40% showing localization of CIC. SUG1 was used as a proteasome marker. Quantification of CIC protein/fraction are displayed below. Values were normalized to the cumulative total of CIC in all fractions. C) Immunofluorescence images of proximity ligation assay showing CIC-Ubiquitin interaction in ATXN1LWT (NHA) and ATXN1LKO (B82) cell lines treated with MG132. DMSO was used as negative control. White bars denote 10 μm. D) Tukey boxplots showing quantification of number of CIC-Ubiquitin foci/cell. * PLA quantifications were collected from 65 individual cells. p-values were calculated using the two-tailed independent Student’s t-test. Statistically significant values are denoted (* = p < 0.05, ** = p < 0.01, *** = p < 0.001). Individual data values can be found in Additional file 17: Table S10.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,897 | 0,240 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».