Additional file 1 of Dysregulation of Tweak and Fn14 in skeletal muscle of spinal muscular atrophy mice
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Supplementary Figure 1. No overt dysregulation of Tweak and Fn14 in skeletal muscle of non-SMA hypomorphic Smn-depleted mice. qPCR analysis of Tweak (a), Fn14 (b), Pgc-1α (c), Mef2d (d), Glut-4 (e), HKII (f) and Klf15 (g) in triceps from post-natal day (P) 7 wild-type (WT), Smn2B/2B and Smn+/- mice. Normalized relative expressions are compared to WT. Data are mean ± SEM, n = 4-5 animals per experimental group, one-way ANOVA, Tukey’s multiple comparison test, * p < 0.05, ns = not significant. Supplementary Figure 2. Tweak and Fn14 are not dysregulated in denervated (nerve cut) muscles of pre-weaned mice. A sciatic nerve cut was performed on post-natal day (P) 7 WT FVB/N mice and both ipsilateral (nerve cut) and contralateral (control) TA muscles were harvested at P14. qPCR analysis of Tweak, Fn14, Pgc-1α, Mef2d, Glut-4, HKII and Klf15 in control and nerve cut TA muscles. Normalized relative expressions for each gene are compared to control muscle. Data are mean ± SEM, n = 7-11 animals per experimental group, two-way ANOVA, uncorrected Fisher’s LSD, ns = not significant. Supplementary Figure 3. Effect of varying Fc-TWEAK doses on disease progression in Smn-/-;SMN2 SMA mice. Smn-/-;SMN2 mice received daily subcutaneous injections of increasing doses of Fc-TWEAK (7.9, 15., 23.7 and 31.6 μg), starting at birth. a. Daily weights of untreated Smn-/-;SMN2 SMA mice and Smn-/-;SMN2 mice that received daily subcutaneous injections (starting at P0) of Fc-TWEAK (7.9, 15.8, 23.7 and 31.6 μg). Data are mean ± SEM, n = 5-10 animals per experimental group, two-way ANOVA, Sidak’s multiple comparison test. b. Survival curves of untreated Smn-/-;SMN2 SMA mice and Smn-/-;SMN2 mice that received daily subcutaneous injections (starting at P0) of Fc-TWEAK (7.9, 15.8, 23.7 and 31.6 μg). Data are presented as Kaplan-Meier survival curves, n = 5-10 animals per experimental group, Log-rank (Mantel-Cox). Supplementary Figure 4. Differential effect of Fc-TWEAK in skeletal muscle of wild type (WT) and Smn2B/- mice. WT and Smn2B/- SMA mice and received subcutaneous injections of Fc-TWEAK (15.8 μg) every 4 days (from post-natal day (P) 0 to P16) and skeletal muscles were harvested 3 hours post-injections. a-g. qPCR analysis of Fn14 (a), Tweak (b), Pgc-1α (c), Mef2d (d), Glut-4 (e), HKII (f) and Klf15 (g) in triceps of untreated and Fc-TWEAK-treated Smn2B/- mice. Normalized relative expressions for Fc-TWEAK-treated WT mice are compared to untreated WT mice and normalized relative expressions for Fc-TWEAK-treated Smn2B/- mice are compared to untreated Smn2B/- mice. Data are mean ± SEM, n = 3-5 animals per experimental group, two-way ANOVA, uncorrected Fisher’s LSD, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001, ns = not significant. h. Quantification of NF-κB2 p100 protein levels normalized to total protein in the quadriceps of late-symptomatic (P18) Smn2B/- mice and age-matched WT animals. Images are representative immunoblots. Data are mean ± SEM, n = 3-5 animals per experimental group, unpaired t test, p = 0.0005 (WT), p = 0.0494. Supplementary Figure 5. Decreased MuRF-1 expression in skeletal muscle of P7 Fn14-/- mice. qPCR analysis of Atrogin-1 (a) and MuRF-1 (b) in quadriceps and triceps from post-natal day (P) 7 wild type (WT) and Fn14-/- mice. Normalized relative expressions are compared to WT. Data are mean ± SEM, n = 4 animals per experimental group, unpaired t test, p = 0.0164 (MuRF-1 quadriceps), p = 0.0283 (MuRF-1 triceps), ns = not significant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,861 | 0,181 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».