Additional file 12 of Systematic profiling of the chicken gut microbiome reveals dietary supplementation with antibiotics alters expression of multiple microbial pathways with minimal impact on community structure
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 12: Supplemental Figure 12. Comparison of changes in pathway-specific gene expression, with changes in taxon abundance and global gene expression for three select pathways. For each pathway (glycolysis, purine metabolism and cell wall biogenesis) we calculate the shift in expression across the four conditions tested (i.e. corn + AGPs v corn; wheat + AGPs v wheat; corn v wheat; and corn + AGPs v wheat + AGPs). The absolute deviation of these changes in pathway-specific expression were then calculated relative to: 1) the relative change in abundance of that taxon (as measured by the log2 fold-change associated with that taxon according to 16S rDNA-based relative abundance); and 2) the total change in RNA for that taxon (as measured by the log2 fold-change in total taxon RNA, calculated by summing RPKM values for all genes for that taxon). Here OTUs are grouped into genera. In the box-plots, taxa with values close to zero, indicate that the shift in pathway gene expression was driven by a general shift in either taxon abundance (16S) and/or global taxon expression. Of the 48 comparisons presented, 42 show that at least 60% of taxa with pathway expression, deviate by greater than a log2 fold change from changes in relative abundance (as measured by 16S rDNA) or global taxon expression (as measured by total taxon RPKM). Note, due to lack of phylogenetic resolution associated with the 16S rDNA datasets, these comparisons feature fewer taxa than the comparisons involving taxon-specific global gene-expression. Single sample Wilcoxon tests further reveal that for 43 of the datasets, pathway-specific gene-expression significantly deviates from either taxon-abundance or global gene expression (* p<0.05; ** p< 0.01; *** p<0.001). The lower panels show the 20 genera exhibiting the greatest divergence in pathway expression relative to global gene expression. For the Corn v Corn+AGP comparison for the glycolysis pathway, we identified ‘Other Bacteria’ and various Proteobacterial groups as possessing the greatest deviation between pathway-specific and global fold change expression. For the Wheat v Wheat+AGP comparison. among the taxa with the greatest deviation between pathway-specific and global fold change expression, were taxa classified as ‘Other Bacteria’, ‘Peptostreptococcaceae’ and ‘Clostridiaceae’.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,811 | 0,143 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».