Additional file 5 of Gut commensal Enterocloster species host inoviruses that are secreted in vitro and in vivo
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 5: Figure S5. Overall maximum OD600 of Enterocloster spp. change in a strain-specific manner in response to osmotic stress. Maximum OD600 of selected Enterocloster strains was calculated from the growth curves obtained as explained in Figure 3A-B. Under different osmotic stresses, we observed varying bacterial sensitivity to osmolality at both the strain and species levels. Notably, we saw a decrease in growth rate (Fig. 3E) and overall max OD when osmolality was increased above the baseline media osmolality of 480 mOsm/kg in E. clostridioformis 538 and E. citroniae. Unlike its counterpart strain, we noticed that the slower-growing E. clostridioformis 455 exhibited tolerance to increased osmolality up to 722 mOsm/kg in the form of stable growth rates, despite decreasing overall max OD (Fig. 3E). Uniquely, E. bolteae exhibited faster growth rates only at 622 mOsm/kg (Fig. 3E), suggesting an optimal osmolality, despite declining overall max OD (Fig. S3). Nonetheless, E. bolteae also showed the overall highest tolerance to osmolality from all tested strains, as both its growth rate and max OD changed the least compared to baseline. These results highlight the unique relationships that bacteria, even at the species or substrain level, have with osmolality, which is consistent with previous findings in other gut bacteria [32].
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,881 | 0,196 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».