Additional file 6 of Kinetic characterization of annotated glycolytic enzymes present in cellulose-fermenting Clostridium thermocellum suggests different metabolic roles
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 6: PfkA, PfkB and Aldoa kinetic data used to generate kinetic parameters in this study. Table S4. Velocities produced by PfkA while varying the concentration of either ATP or GTP to determine the Km of the phosphate donors while F6P was held at a concentration of 2 mM. Values generated kinetic parameters in Table 1. Table S5. Velocities produced by PfkA while varying the concentration of F6P to determine the Km of the sugar phosphate while phosphate donor (ATP/GTP) concentration was held constant at 2 mM. Values generated kinetic parameters in Table 1. Table S6. Velocities produced by PfkA with respective phosphate donors (ATP or GTP) for each trial without any effector, with the addition of NH4Cl(*) appearing to be required for maximal activity and subsequent combination NH4Cl(*) and other potential activating or inhibiting compound. These values were used to produce Fig. 4A–C. The effect of each effector was compared to the reaction with only NH4Cl(*), GTP/ATP and F6P which is considered 100% relative activity. Final concentration of each effector was 2 mM, F6P 2 mM and GTP/ATP 2 mM. Table S7. Inhibition assay for PfkA activity with varying concentrations of PPi was done separately with another protein preparation. Note that PfkA once purified is not very stable and has the tendency to precipitate. The concentration of Mg2+ in the assay was reduced 50% to 2.5 mM to avoid precipitation with PPi. The reduction in Mg2+ along with potential precipitation of PfkA could explain the difference in velocities between Table S5 and Table S6. These values were used to produce Fig. 4D Table S8. Velocities produced by PfkB while varying the concentration of fructose to determine the Km of the sugar while phosphate donor (ATP/GTP) concentration was held constant at 2 mM. Values generated kinetic parameters in Table 3. Table S9. Velocities produced by PfkB while varying the concentration of either ATP or GTP to determine the Km of the phosphate donors while fructose concentration was held at 2 mM. Values generated kinetic parameters in Table 3. Table S10. Velocities produced by Aldoa while varying the concentration of FBP to determine the Km of the sugar phosphate. Table S11. Velocities produced by Aldoa without any potential activating ions, with the addition of either a monovalent or divalent ion and a combination of both. The values were used to produce Fig. 11.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,782 | 0,177 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».