Additional file 1 of Ancestral reconstruction reveals catalytic inactivation of activation-induced cytidine deaminase concomitant with cold water adaption in the Gadiformes bony fish
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Supplementary Figure 1. Comparison of the aicda genomic structure amongst vertebrates. Supplementary Figure 2. Comparison of the aicda synteny amongst vertebrates. Supplementary Figure 3. Atlantic cod AID purification and enzymatic characterization. Supplementary Figure 4. Expression and testing of Gm-AID produced in HEK293T cells. Supplementary Figure 5. Deciphering the basis of the absolute catalytic death of the polar cod AID. Supplementary Figure 6. Amino acid alignment of extant AIDs used for ASR analyses and predicted ancestral sequences. Supplementary Figure 7. Determination of the basic biochemical properties of resurrected ancestral AIDs to determine conditions for measurement of catalytic efficiency. Supplementary Table 1. Comparison of DNA interaction with substrate binding grooves on the surface of AID orthologs. Supplementary Table 2. Comparison of Gm-AIDH136 residue in interaction with -1 position nucleotide upstream of the target dC and total interactions with substrate to its equivalent residue in other AID orthologs. Supplementary Table 3. WRC/GYW enrichment in complementarity determining regions (CDRs) vs. frameworks (FRs) of IgVH genes of various Gadidae and vertebrate species. Supplementary Table 4. WGCW enrichment in complementarity determining regions (CDRs) vs. frameworks (FRs) of IgVH genes of various Gadidae and vertebrate species. Supplementary Table 5. AID hotspot abundance in the entire IgVH genes and GC content of annotated complete protein coding genes (CDSs) of various Gadidae and vertebrate species. Supplementary Table 6. The sequence of primers used in this study. Supplementary Table 7. GenBank accession number of the teleost aicda and Ig genes used in this study.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,100 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle