Additional file 2 of Phosphoproteomics of short-term hedgehog signaling in human medulloblastoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S-1. Eluent B (B) gradient range and gradient duration for the different analyzed fractions. Table S-2. Applied R-packages. Responsiveness of DAOY cells to SAG and vismodegib treatment. RNA isolation and quantitative PCR (qPCR). Table S-3. Primer Sequences used for qPCR. Figure S-1. Hedgehog target gene expression in SAG and vismodegib treated DAOY cells. Figure S-2. Comparable Hedgehog pathway induction by natural and synthetic HH pathway activators. Figure S-3. Distribution of protein groups identified after 5.0 min treatment (A) and 15 min treatment (B). Figure S-4. Ingenuity pathway analysis of all phosphopeptides identified after 15 min using a phosphorylation analysis. Figure S-5. Time dependent Ingenuity pathway analysis of cancer associated pathways. Figure S-6. Western blot validation of PKA activity modulation in response to SMO agonist and antagonists. Table S-4. Antibodies used for Western blot analysis. Figure S-7. Overlap of quantified phosphopeptides after 5.0 and 15 min. Figure S-8. Volcano plots of phosphopeptides identified after 5.0 min treatment. Figure S-9. Kinase substrate enrichment analysis (KSEA) was performed for phosphopeptides identified after 5.0 min treatment for the ratio SAG/Vismo using the online platform KSEA App (https://casecpb.shinyapps.io/ksea/). Figure S-10. Volcano plots and kinase set enrichment analysis for phosphopeptides identified after 15 min treatment. Figure S-11. IFT172 phosphorylation and expression after 5.0 and 15 min.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,733 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».