Additional file 2 of Phosphoproteomics of short-term hedgehog signaling in human medulloblastoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S-1. Eluent B (B) gradient range and gradient duration for the different analyzed fractions. Table S-2. Applied R-packages. Responsiveness of DAOY cells to SAG and vismodegib treatment. RNA isolation and quantitative PCR (qPCR). Table S-3. Primer Sequences used for qPCR. Figure S-1. Hedgehog target gene expression in SAG and vismodegib treated DAOY cells. Figure S-2. Comparable Hedgehog pathway induction by natural and synthetic HH pathway activators. Figure S-3. Distribution of protein groups identified after 5.0 min treatment (A) and 15 min treatment (B). Figure S-4. Ingenuity pathway analysis of all phosphopeptides identified after 15 min using a phosphorylation analysis. Figure S-5. Time dependent Ingenuity pathway analysis of cancer associated pathways. Figure S-6. Western blot validation of PKA activity modulation in response to SMO agonist and antagonists. Table S-4. Antibodies used for Western blot analysis. Figure S-7. Overlap of quantified phosphopeptides after 5.0 and 15 min. Figure S-8. Volcano plots of phosphopeptides identified after 5.0 min treatment. Figure S-9. Kinase substrate enrichment analysis (KSEA) was performed for phosphopeptides identified after 5.0 min treatment for the ratio SAG/Vismo using the online platform KSEA App (https://casecpb.shinyapps.io/ksea/). Figure S-10. Volcano plots and kinase set enrichment analysis for phosphopeptides identified after 15 min treatment. Figure S-11. IFT172 phosphorylation and expression after 5.0 and 15 min.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,802 | 0,181 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».