Additional file 4 of The Q/R editing site of AMPA receptor GluA2 subunit acts as an epigenetic switch regulating dendritic spines, neurodegeneration and cognitive deficits in Alzheimer’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 4: Sup Figure 4. AMPAR surface expression and complex formulation. (a-b) BS3 crosslinking of surface AMPARs alters their molecular weight enabling the discrimination of surface-crosslinked versus intracellular-non crosslinked AMPARs. No changes were found to the ratio of surface to intracellular GluA2 in the (a) whole hippocampus or in (b) hippocampal subregions: CA1, CA3 or DG (n’s for a: WT = 7, GluA2G/G= 8, J20 = 8, GluA2G/G/J20 = 8; n’s for b: WT = 4 for CA1 and DG and 5 for CA3, GluA2G/G= 4 for CA1 and DG and 5 for CA3, J20 = 5 for CA1 and CA3 and 4 for DG, GluA2G/G/J20 = 5 for CA1 and CA3 and 4 for DG; CA1 ANOVA: F(3,14) = 1.607 p = 0.232; CA3 ANOVA: F(3,16) = 1.403 p = 0.278; DG ANOVA: F(3,12) = 1.262 p = 0.24). N’s represent averaged normalised values per immunoblot. Total protein expression of (c) GluA2 and (d) GluA2/3 in the hippocampus showed no differences between any of the genotypes (n = 6/genotype except for (c) where GluA2G/G= 5 and GluA2G/G/J20 = 5; GluA2 ANOVA: F(3,18) = 1.068 p = 0.39; GluA2/3 ANOVA: F(3,20) = 0.51 p = 0.68). (e) Co-immunoprecipitation of AMPAR subunits demonstrated none of the genotypes showed any alterations to their AMPA receptor composition within the hippocampus (unbound fraction shown; n’s: WT = 4, GluA2G/G= 3, J20 = 4, GluA2G/G/J20 = 4). For example, the first column of image in top left shows 100% of GluA1 remained in the unbound fraction when IP’ed against the IgG control, followed by <5% of GluA1 remaining in the unbound fraction when IP’ed against GluA1, followed by 12% of GluA1 remaining in the unbound fraction when IP’ed against GluA2, etc. Each value represents the mean ± the SD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,928 | 0,241 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».