Additional file 1 of Epigenetic rewriting at centromeric DNA repeats leads to increased chromatin accessibility and chromosomal instability
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Visualization of the TALE fusions proteins and CENP-A. U2OS cells expressing either the TALE-demethylase (top), its point mutant (middle) or the TALE-GFP (bottom). TALE proteins are visualized using an anti-HA antibody (shown in green), CENP-A is revealed with an anti-CENP-A antibody (shown in red) and DNA was stained using Hoechst. Maximum projections are shown for each cell. Scale bar, 10 μm. Figure S2. Characterization of the overlap of TALE-fusion proteins with CENP-A and D7Z1. Percentage of overlap between TALE and CENP-A foci (left, n=277 foci) and TALE and D7Z1 foci (right, n=316 foci). The value presented is the volume of the TALE covered by the other structure (in %). Figure S3. Chromosome instability in TALE-demethylase cell line. (A) The volumes of nuclei are represented according to the number of chromosomes 11 (top two panels, green) or 7 (bottom two panels, orange) in the inducible cell line expressing the TALE-KMD4B, with or without doxycycline treatment. The muted area around the solid line represents the standard error while the black dots are the individual data points (nuclei volume) for each number of chromosomes. (B) The number of chromosomes 7 and 11 are determined in a thousand nuclei of the TALE-KDM4B cell line, after 48 h of growth with or without doxycycline treatment. The histogram represents the number of nuclei counted according to the number of chromosomes 7 (green) or 11 (orange) in each nucleus. Figure S4. Effects of TALE-demethylase expression on CENP-A loading. (A) Boxplots showing the signal intensity (left panel) and the volume (right panel) of CENP-A foci associated with the TALE-demethylase foci (blue) (n=186 foci) or with the TALE-KDM4B-H188A foci (orange) (n=82). (B) Boxplot showing the percentage of overlap of TALE-demethylase foci by CENP-A foci (blue) (n=186 foci) and the overlap of TALE-KDM4B-H188A foci by CENP-A foci (orange) (n=82). The value presented is the percentage of the volume of the TALE covered by CENP-A. Table S1. Chromosome instability upon removal of chromosome 7 pericentromeric H3K9me3. Number of nuclei containing either 4 chromosomes 7 and 11 or a different number. Nuclei containing more or less than 4 chromosomes are considered products of aberrant mitosis and proof of genomic instability. Cells grown with doxycycline for 48h (+) are expressing either the TALE-demethylase or the TALE-GFP (control), while cells grown without (-) do not express any construct. Table S2. Plasmids used in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,896 | 0,173 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».