Additional file 1 of Neuronal SNCA transcription during Lewy body formation
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Method of outlining the region of interest and capturing the positive signals in RNAscope. Raw data image of the SN section in a case of Lewy body disease (A). Lookup Table strength of the cell-specific marker and DAPI channels are increased enough to make the level of autofluorescence of neuromelanin and/or lipofuscin pigments visible (B). Then, the cell body borders are traced by their signals as total cell area (C). DAPI channel is selected and the nuclear edge is outlined as the nucleus area (D). Phosphorylated-α-syn immunostaining channel is represented in green and selected. The edge of LB is drawn as LB area (E). Subsequently, returning the LUT parameters to the default settings, positive signals corresponding to SNCA transcripts above the threshold within the region of interest are captured by the NIS-Elements software (F). Red displays SNCA transcripts, magenta shows RBFOX3 transcripts, and blue exhibits DAPI. Scale bar represents 10 μm. Fig. S2. Method of outlining the region of interest and capturing synuclein-immunoreactive neurites in HALO. The SN, region of interest, is demarcated by a yellow line (A). A magnified view of the boxed area in A is presented in (B), with the captured area highlighted in red (C). Fig. S3. Immunohistochemistry for SYN-1 and 5G4 α-synuclein (α-syn) antibodies. SYN-1 antibody cross-reacts with the physiological monomeric α-syn and shows a synaptic pattern in both cases of controls (A, C, E, G) and LBD (B, D, F, H) in addition to revealing Lewy body and related pathology in the diseased substantia nigra (SN, D) and putamen (F). In contrast, the 5G4 antibody does not label the physiological synaptic staining in the SN and putamen in cases of control (C, G) nor of LBD (D, H) and highlights only the disease associated α-syn immunoreactivity in LBD (D, H). Immunostaining for SYN-1 (A, B, E, F) and 5G4 (C, D, G, H) anti-α-syn antibodies in the SN (A–D) and putamen (E–H). The scale bars represent 50 μm for each image.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,878 | 0,218 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».