Additional file 2 of Risk-focused differences in molecular processes implicated in SARS-CoV-2 infection: corollaries in DNA methylation and gene expression
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Fig S1. Violin plots of sex-biased gene expression in NLRP2. Expression in blood was quantified as transcript counts (GTEx). Fig S2. Violin plots of sex-biased gene expression in XIST. (A)Expression in nasal epithelia was measured as log2 normalized values (GEO). (B)Expression in lung was quantified as transcript counts (GTEx). (C)Expression in blood was quantified as transcript counts (GTEx). Fig S3. Box plots of the three validated CpG sites (GPX1, ERC1 and TLE1) differentially methylated by sex in three tissues from the repeated exposure data set. Unadjusted DNA methylation values (β) were plotted on the y axis with CpG sites on the x axis. Genomic positions of the CpG sites are indicated below the respective plots. Fig S4. Box plots of the three validated CpG sites (GPX1, ERC1 and TLE1) differentially methylated by sex in blood. Unadjusted DNA methylation values (β) were plotted on the y axis against the CpG sites on the x axis, with genomic locations of the CpG sites plotted below the respective plots. Fig S5. Bar plots of age distributions in airway epithelia and nasal epithelia. Age group in years is indicated on the y axis while the x axis represents the number of males and females. Fig S6. Box plots of the three validated CpG sites (GPX1, ERC1 and TLE1) differentially methylated by sex across the age groups in airway epithelia and nasal epithelia. Unadjusted DNA methylation values (β) were plotted on the x axis with age groups in years on the y axis. Genomic positions of the CpG sites are represented below the respective plots. Fig S7. Box plots of the CpG sites that are differentially methylated by COVID-19 status in males (A) and in females (B). Unadjusted DNA methylation values (β) were plotted on the y axis and the box plots are colored by COVID-19 status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,029 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,865 | 0,132 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».