data and script for Banousse et al: <b>Genetic and environmental basis of transcriptional thermal plasticity of brook charr fry</b>
Notice bibliographique
Résumé
<b>DB_Brain_chip_Laval_calculation.xlsx</b>: This file contains the calculation of N0 (following Tuomi et al. 2010) and Dct (DN<sub>0</sub>) derived from the Crt, which is the fractional PCR cycle number where fluorescence crosses the quantification threshold.<b>DB_dct_Brain_chip_Laval_Box_Cox.csv</b>: This file includes the dct transformed values (using Box-Cox transformation) for each of the 10 genes (AVT1, BDNF, CART, CCK.L, CIRBPA, DCX, NEUROD1, NPY, PCNA, SOX2).<b>Code_LMM_Brain_chip_Laval.Rmd</b>: This script contains the code used to assess the Linear Mixed Models (LMM) for each of the 10 genes analyzed.<b>data_for_ASREML.zip:</b> This zip file contains the same data as <b>DB_dct_Brain_chip_Laval_Box_Cox.csv</b>, but it is divided based on the parental thermal regimes (cold and warm). Additionally, it includes the pedigree matrix. These files are used in the (<b>ASREML_Brain_chip_Laval.Rmd)</b> to perform quantitative genetic analysis and partition the variance in gene expression into genetic, environmental, and parental components.<b> </b><b>ASREML_Brain_chip_Laval.Rmd: the code script used for the quantitative genetic analysis</b><b>data_for_G X E _analysis.zip : </b>This zip file contains the data used in the <b>GxE_Analysis_Brain_chip_Laval.Rmd</b> script to assess the genotype-by-environment analysis. It includes data exclusively for full-sib families, treated as a single genotype.<b>G X E Analysis_Brain_chip_Lval.Rmd</b><b>: </b>This script contains the code used to perform the genotype-by-environment (GxE) analysis.<br>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».