data and script for Banousse et al: <b>Genetic and environmental basis of transcriptional thermal plasticity of brook charr fry</b>
Notice bibliographique
Résumé
DB_Brain_chip_Laval_calculation.xlsx: This file contains the calculation of N0 (following Tuomi et al. 2010) and Dct (DN0) derived from the Crt, which is the fractional PCR cycle number where fluorescence crosses the quantification threshold.DB_dct_Brain_chip_Laval_Box_Cox.csv: This file includes the dct transformed values (using Box-Cox transformation) for each of the 10 genes (AVT1, BDNF, CART, CCK.L, CIRBPA, DCX, NEUROD1, NPY, PCNA, SOX2).Code_LMM_Brain_chip_Laval.Rmd: This script contains the code used to assess the Linear Mixed Models (LMM) for each of the 10 genes analyzed.data_for_ASREML.zip: This zip file contains the same data as DB_dct_Brain_chip_Laval_Box_Cox.csv, but it is divided based on the parental thermal regimes (cold and warm). Additionally, it includes the pedigree matrix. These files are used in the (ASREML_Brain_chip_Laval.Rmd) to perform quantitative genetic analysis and partition the variance in gene expression into genetic, environmental, and parental components. ASREML_Brain_chip_Laval.Rmd: the code script used for the quantitative genetic analysisdata_for_G X E _analysis.zip : This zip file contains the data used in the GxE_Analysis_Brain_chip_Laval.Rmd script to assess the genotype-by-environment analysis. It includes data exclusively for full-sib families, treated as a single genotype.G X E Analysis_Brain_chip_Lval.Rmd: This script contains the code used to perform the genotype-by-environment (GxE) analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,577 | 0,350 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».