Supplementary materials for the article reporting Pacific Oyster Nidovirus 1 (PONV1)
Notice bibliographique
Résumé
Here, we provide supplementary materials, including phylogenetic trees, sequences, and relevant codes, for the article (Zhong <i>et al.</i> 2025; https://doi.org/10.1073/pnas.2426923122) reporting Pacific Oyster Nidovirus 1 (PONV1), detected in farms where Pacific oysters experiencing mass mortality events in British Columbia, Canada.<br><b>Contents of the sequence file:</b><b>Rdrp_containing_contig_unique_vOTU_189.fasta</b><br>Representative nucleotide sequences of 189 RdRp-containing RNA virus operational taxonomic units (vOTUs) identified from the Pacific oyster samples (ENA accession numbers: ERR13334386 to ERR13334481).<b>PONV1_segment_1.fasta</b><br>Nucleotide sequences of segment 1 from PONV1.<br>NCBI accession number: PQ030832.<b>PONV1_segment_2.fasta</b><br>Nucleotide sequences of segment 2 from PONV1.<br>NCBI accession number: PV579160.<b>PONV1-like_virus_segment_1.fasta</b><br>Nucleotide sequences of segment 1 from PONV1-like virus 1 through 15.<br>NCBI accession numbers: BK068944 to BK068958.<b>PONV1-like_virus_segment_2.fasta</b><br>Nucleotide sequences of segment 2 from PONV1-like virus 1 through 15.<br>NCBI accession numbers: PV928314 to PV928328.<br><b>Reference:</b>Zhong KX, Chan AM, Miller KM, Saunders R, and Suttle CA (2025) Evolutionarily divergent nidovirus with an exceptionally large genome identified in Pacific oysters undergoing mass mortality. <i>Proceedings of the National Academy of Sciences USA</i>, <b>122:</b> e2426923122. https://doi.org/10.1073/pnas.2426923122<br><br><br>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,631 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».