Regional climate affects salmon lice dynamics, stage structure, and management
Notice bibliographique
Résumé
REGIONAL CLIMATE AFFECTS SALMON LICE DYNAMICS, STAGE STRUCTURE, AND MANAGEMENT by Amy Hurford, Xiunan Wang, and Xiao-Qiang Zhao Contact: Amy Hurford, ahurford@mun.ca Several of these codes have dependencies on the PBSddesolve package. CODE TO MAKE FIGURES (have dependencies on *.Rdata files) (1) Figure1_map.R: makes FIGURE 1: Map and temperature and salinity plots (2) Figure2_R0Graphs.R makes FIGURE 2. This file calls Summary.Rdata, the output of R0Calcs.R. (3) Figure2_R0Calcs.R: performs the calculations underlying FIGURE 2. (4) Figure3_Dynamics: makes FIGURE 3. (5) Figure4_GenerationTime.R: makes FIGURE 4. (6) FigureS1_S2_ParamsFunc.R: makes FIGURES S1 & S2: Figure S.1 shows fits of functions for lab data describing life history parameters as a function of temperature and salinity. The output ParamsFunc.Rdata is called by subsequent codes. Figure S.2 examines evidence for local adaptation. (7) FigureS3_NumericalMethods.R: makes FIGURE S3. (8) SalinityMortalityCaligus.R: runs analyses for Caligus rogercresseyi adult mortality data shown in Figure S1. =============== DATA FILES (9) Data_Extraction.csv: The raw data extracted from the sources as listed in Section S1 of Hurford et al. Site abbreviations are described in detail in Section S1 of Hurford et al. (10) CH.Rdata: Parameters and data for the site in Chile (CH). This file is called by other codes. (11) IM3.Rdata: Parameters and data for the site a site off the coast of Ireland (IM3). (12) IM4.Rdata: Parameters and data for the site a site off the coast of Ireland (IM4). (13) farm24.Rdata: Parameters and data for the site in the Broughton Archipegalo (BCB). (14) farmWCVI.Rdata: … for a site on the west coast of Vancouver Island (BCV). (15) farmCC.Rdata: … for a site on the central coast of BC (BCC). (16) farmNB.Rdata: … for a site in New Brunswick (NB). (17) farmNS.Rdata: … for a site in Nova Scotia (NS). (18) farmNL.Rdata: ... data is from Newfoundland (NL). (19) farmNLI.Rdata: … for the Lista site in Norway (NLI). (20) farmNIN.Rdata: … for the Ingoy site in Norway (NIN). (21) ParamsFuncs.Rdata: Save parameterized functions (see Figure S1) (22) Summary.Rdata: produced by Figure2_R0Calcs.R and loaded by Figure2_R0Graphs.R
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,046 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».