Studies on the pollen-trapping fungal genus Retiarius: Taxonomy, phylogenetics, and metabolism with a special focus on western Canada
Notice bibliographique
Résumé
Fungi can obtain nutrients from a variety of sources, including some which capture and degrade pollen grains. Retiarius Olivier (Orbiliomycetes, Ascomycota) is an anamorphic hyphomycete that traps airborne pollen grains with aerial hyphae. Only four species, described from South Africa and Hungary, are known within the genus. Retiarius has been widely reported in Europe, with several dispersed records world-wide including a single record from North America. In recent years, Retiarius has been detected in metagenome sequencing projects of lichens. In addition, microscopic observations of pollen grain deposits on the undersurfaces of lichens revealed hyphae infecting pollen grains. With these observations, I suspected that Retiarius was more prevalent in Western Canada than the previous sampling would suggest. In my thesis, I developed genus-specific PCR primers to screen for the presence of Retiarius on lichens and adjacent substrate from forests in Canada, the western US, and northern Mexico. I isolated strains in axenic culture of Retiarius from the lower surface of rock-dwelling lichens. Two of the strains were used in phenotype profiling experiments to characterize carbon and nitrogen utilization. The environmental screening suggested that Retiarius is ubiquitous in lichens and adjacent substrates of all forested ecosystems included in my sampling. In the Canadian Arctic, Retiarius was detected at low frequency rates. Phylogenetic analyses using a multilocus tree revealed two undescribed species: Retiarius canadensis nom. prov., and Retiarius crescentus nom. prov. Both were isolated from the lower surface of lichens, with morphological characteristics different from the known species of Retiarius. Using sequences derived from environmental sequencing, I identified an additional 17 putative species-level lineages of Retiarius. The phenotype profiling data were inconsistent in characterizing Retiarius carbon and nitrogen utilization. As a resource for future studies, the genome of Retiarius crescentus nom. prov. was sequenced and annotated, representing the first genome of a non-nematode trapping species in Orbiliomycetes. This research will serve as a benchmark for studying the genus Retiarius, expanding the current knowledge of its phylogeny and species richness. The evidence indicates a great diversity of species yet to be described, present in a wide variety of ecosystems across North America, and it might play a key role in nutrient cycling by tapping into the nutrient-rich pollen grains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».