Delimitation and identification of crescent butterflies (Nymphalidae: Phyciodes) in Alberta using molecular and morphological techniques
Notice bibliographique
Résumé
Species delimitation can be challenging, especially in taxonomic groups that exhibit little morphological divergence. Many techniques and concepts have been developed for detecting species boundaries, and molecular methods are becoming increasingly common. Next generation sequencing techniques make it feasible to obtain hundreds to thousands of genome-wide markers, even for non-model organisms. This can provide powerful insights into species boundaries and the integrity of those boundaries in the presence of gene flow. However, classical taxonomic information, such as morphology, is often excluded from molecular studies, creating a disconnect between delimitation and identification. Integrative and iterative approaches to taxonomy that include morphological data maintain a link between delimitation and identification while providing a more complete understanding of the organisms being studied. The Phyciodes tharos species group of nymphalid butterflies is currently thought to comprise four species. However, interspecific overlap and intraspecific variability of the wing patterns have resulted in a complicated taxonomic history with uncertainty regarding the level of divergence between species. Discordance of mitochondrial COI with traditional taxonomic identifications has added to this uncertainty but has been attributed to incomplete lineage sorting and contemporary introgression. In this thesis, I used an iterative approach to examine the species limits of this group using genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs) and the barcoding region of the mitochondrial COI gene. I then quantitatively examined the utility of eighteen morphological characters for identification based on the genomic species lineages. I focused on Alberta, the only region where all four species occur, and no other species of the genus are present. Genomic SNPs resolved all four species boundaries with strong support for P. tharos (Drury, 1773), P. cocyta (Cramer, 1777), and P. pulchella (Boisduval, 1852). Phyciodes batesii (Reakirt, 1865) did not form a monophyletic clade but did form a distinct cluster in all genomic analyses. Evidence of occasional hybridization and low levels of introgression indicate that these lineages maintain their genomic integrity when in contact. The COI haplotypes were discordant with genomic SNPs but provided evidence of unidirectional mitochondrial gene flow likely due to brood timing and opportunistic mating between species. Morphological characters exhibited extensive intraspecific variation and broad interspecific overlap. None of the character states were strictly diagnostic, but the proportions of character states exhibited for each species are provided as an identification resource.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».