Additional file 1: Table S1. of Host species identity, site and time drive temperate tree phyllosphere bacterial community structure
Notice bibliographique
Résumé
Description of the four study sites during the summer of 2013 (Canadian historical climate data, http://climate.weather.gc.ca/ ). Table S2. Taxonomic identity of the 19 core microbiome OTUs across the 142 trees sampled. Taxonomic identification was based on a BLAST against the greengenes database with a minimum cutoff of 50 % confidence required for assignment to a given taxonomic group. Table S3. Significative associations between bacterial taxonomic groups (a-Phylum, b-Class, c-Order, d-Family and e-OTUs) and tree species (LEfSe analyses). Scores identify which clades have the greatest explanatory power on differences between communities. Table S4. Significative associations between bacterial taxonomic groups (a-Phylum, b-Class, c-Order, d-Family and e-OTUs) with tree species classified between angiosperms and gymnosperms (LEfSe analyses). Scores identify which clades have the greatest explanatory power on differences between communities. Table S5. Taxonomic and functional trait information of the five tree species used in this study. Sources for functional trait information are described in the main text. Figure S1. Location of the four sites sampled during summer 2013 across the temperate forest of Quebec’s province. Figure S2. Collector’s curve (mean 95 % confidence interval) of bacterial phyllosphere operational taxonomic units (OTUs; 97 % sequence similarity cut-off) richness versus number of trees sampled in the temperate forest in 2013. (DOC 1640 kb)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,864 | 0,159 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».