Molecular pathotyping platforms for the clubroot pathogen, Plasmodiophora brassicae
Notice bibliographique
Résumé
Clubroot, caused by the soilborne pathogen Plasmodiophora brassicae, is a threat to cruciferous crops worldwide and an important disease of canola (Brassica napus L.) in Canada. At present, pathotypes of P. brassicae are distinguished phenotypically based on their virulence patterns on host differential sets, including the systems of Williams, Somé et al., the European Clubroot Differential set, and most recently, the Canadian Clubroot Differential and the Sinitic Clubroot Differential sets. While these are frequently used because of their simplicity of application, they are time-consuming, labor-intensive, and can lack sensitivity. Early and preventative pathotype detection is imperative to maximize productivity and promote sustainable crop production. The decreased turnaround time and increased specificity of molecular pathotyping will be valuable for the development of integrated clubroot management strategies, and interest in molecular approaches to complement phenotypic bioassays is increasing. In this study, two rapid and sensitive molecular P. brassicae pathotyping assays were developed, the first using RNase H2-dependent PCR (rhPCR) technology, and the second using a modified single base extension technique known as SNaPshot. Both assays clearly distinguished between pathotype clusters. The results correlated fully with whole genome sequencing data in silico for all 38 single-spore isolates of P. brassicae tested. Additional isolates from pathotyped clubroot galls and from samples in a single-blind test were also identified correctly. The rhPCR assay generated differentiating electrophoretic bands without non-specific amplification. The SNaPshot assay was able to detect down to a 10% relative allelic proportion in template (pathotype) mixtures with both single-spore and field isolates. Collectively, the results demonstrated that the rhPCR-based and single base extension assays developed in this study may be used as fast and reliable diagnostic tools to detect and distinguish between P. brassicae pathotype clusters. The ability to identify pathotypes in a rapid manner will aid in clubroot diagnosis and surveillance activities, complementing traditional bioassays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».