Analysis of genetic variability within the Beijing lineage of «Mycobacterium tuberculosis»
Notice bibliographique
Résumé
Previous research has demonstrated that the DosR/DosS two-component signaling system is constitutively overexpressed in modern Beijing strains of Mycobacterium tuberculosis (M. tb). It is hypothesized that constitutive overexpression of this regulatory system is related to the unique pathogenic properties reported for this important strain lineage. Within this thesis we attempted to determine the cause of this overexpression phenotype. We first compared known DosR signaling stimuli between different strains of M. tb, looking specifically at NO (nitric oxide) and redox (reduction-oxidation) balance. We demonstrated that there was no difference in endogenous NO production between strains, but we showed that there was a significantly more reductive NADH/NAD pool in modern Beijing strains. To determine the specific factor responsible, we transformed four independent strains of M. tb with a DosR-dependent XylE reporter and developed a novel colony-screening assay to determine DosR activity. We then performed whole-genome transposon mutagenesis to screen for genes that are potentially able to modify DosR expression and/or activity. After screening ~80,000 transductants, we identified 49 genes that appear to influence reporter activity. Surprisingly, when analyzed by qRT-PCR, we were not able to demonstrate a modulation in dosR expression for any of these putative candidates, which suggested that expression of our reporter was being modified in a DosR-independent manner. Further analysis has revealed that many candidate genes directly affect the activity of the reporter protein by modulating H2O2 levels within the bacteria. Intriguingly, this lead us to the observation that modern Beijing strains have elevated catalase activity compared to other strains of M. tb. This work further characterizes the unique properties of the Beijing lineage of M. tb and identifies a novel phenotype that may be associated with its pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».