Development and validation of novel algorithms to identify patients with inflammatory bowel diseases in Israel: an epi-IIRN group study
Notice bibliographique
Résumé
Mira Y Friedman,1,2 Maya Leventer-Roberts,3 Joseph Rosenblum,4 Nir Zigman,4 Iris Goren,4 Vered Mourad,4 Natan Lederman,5 Nurit Cohen,5 Eran Matz,6 Doron Z Dushnitzky,6 Nirit Borovsky,6 Moshe B Hoshen,3 Gili Focht,1 Malka Avitzour,1 Yael Shachar,1 Yehuda Chowers,7 Rami Eliakim,8 Shomron Ben-Horin,8 Shmuel Odes,9 Doron Schwartz,9 Iris Dotan,10 Eran Israeli,11 Zohar Levi,10 Eric I Benchimol,12–14 Ran D Balicer,3 Dan Turner1 On behalf of the Israeli IBD Research Nucleus (IIRN) 1The Juliet Keidan Institute of Pediatric Gastroenterology and Nutrition, Shaare Zedek Medical Center, The Hebrew University of Jerusalem, Jerusalem, Israel; 2Braun School of Public and Community Medicine, The Hebrew University – Hadassah Medical Center, Jerusalem, Israel; 3Clalit Research Institute, Chief’s Office, Clalit Health Services, Tel Aviv, Israel; 4Maccabi Healthcare Services, Tel Aviv, Israel; 5Meuhedet Health Services, Tel Aviv, Israel; 6Leumit Health Services, Tel Aviv, Israel; 7Department of Gastroenterology, Rambam Health Care Campus, Bruce Rappaport School of Medicine, Technion Israel Institute of Technology, Haifa, Israel; 8Department of Gastroenterology, Chaim Sheba Medical Center, Sackler School of Medicine, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel; 9Department of Gastroenterology and Hepatology, Soroka Medical Center, Ben-Gurion University of the Negev, Beer Sheva, Israel; 10Division of Gastroenterology, Rabin Medical Center, Petah Tikva, Israel; 11Institute of Gastroenterology and Liver Diseases, Hadassah Medical Center, Hebrew University, Jerusalem, Israel; 12CHEO Inflammatory Bowel Disease Centre, Children’s Hospital of Eastern Ontario, Ottawa, ON, Canada; 13Department of Pediatrics and School of Epidemiology, Public Health and Preventive Medicine, University of Ottawa, Ottawa, ON, Canada; 14Institute for Clinical Evaluative Sciences, Ottawa, ON, Canada Background: Before embarking on administrative research, validated case ascertainment algorithms must be developed. We aimed at developing algorithms for identifying inflammatory bowel disease (IBD) patients, date of disease onset, and IBD type (Crohn’s disease [CD] vs ulcerative colitis [UC]) in the databases of the four Israeli Health Maintenance Organizations (HMOs) covering 98% of the population. Methods: Algorithms were developed on 5,131 IBD patients and 2,072 controls, following independent chart review (60% CD and 39% UC). We reviewed 942 different combinations of clinical parameters aided by mathematical modeling. The algorithms were validated on an independent cohort of 160,000 random subjects. Results: The combination of the following variables achieved the highest diagnostic accuracy: IBD-related codes, alone if more than five to six codes or combined with purchases of IBD-related medications (at least three purchases or ≥3 months from the first to last purchase) (sensitivity 89%, specificity 99%, positive predictive value [PPV] 92%, negative predictive value [NPV] 99%). A look-back period of 2–5 years (depending on the HMO) without IBD-related codes or medications best determined the date of diagnosis (sensitivity 83%, specificity 68%, PPV 82%, NPV 70%). IBD type was determined by the majority of CD/UC codes of the three recent contacts or the most recent when less than three contacts were recorded (sensitivity 92%, specificity 97%, PPV 97%, NPV 92%). Applying these algorithms, a total of 38,291 IBD patients were residing in Israel, corresponding to a prevalence rate of 459/100,000 (0.46%). Conclusion: The application of the validated algorithms to Israel’s administrative databases will now create a large and accurate ongoing population-based cohort of IBD patients for future administrative studies. Keywords: inflammatory bowel diseases, Crohn’s disease, ulcerative colitis, search algorithms, validation, case ascertainment, Israel, administrative database research
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».