Energy-transducing proteins of «Escherichia coli»: lipid-based crystallization trials
Notice bibliographique
Résumé
Gram-negative bacteria such as Escherichia coli possess a cell envelope composed of an outer membrane (OM) and a cytoplasmic membrane (CM). Widespread antibiotic resistance among these bacteria has necessitated the elucidation of novel therapeutic targets. Scarce nutrients such as iron and vitamin B12 cross the OM by energy-dependent transport. Since the OM lacks a source of energy, bacteria couple the energized CM to drive this process. The TonB-ExbB-ExbD integral membrane protein complex in the CM harnesses the proton gradient and transduces this energy to OM receptors. Despite decades of informative genetic and biochemical research, limited structural and functional information is available on this complex. In particular, only partial structures of the periplasmic domains of TonB and ExbD are known and all structural information is lacking for ExbB, considered to be the scaffold protein of the complex. Furthermore, the stoichiometry of the complex and the putative proton translocation pathway remain controversial. To gain insight into the molecular mechanisms of bacterial scarce nutrient transport, we produced, purified and characterized the ExbB and ExbD proteins before initiating lipid-based crystallization trials. The proteins were produced in milligram amounts and purified as a complex. The complex was found to be ~400 kDa and monodisperse by analytical size exclusion chromatography (SEC). Nuclear magnetic resonance-based detergent quantitation identified excess detergent that concentrated as a function of protein concentration. This led to greater apparent molecular weight of the complex by SEC. The excess detergent was able to be diminished by adsorbent beads or exchanged to a related, dialyzable detergent. Bicelle and in meso crystallization trials were initiated with purified ExbB-ExbD complexes, with promising leads identified. Optimization is ongoing to develop X-ray diffraction-quality crystals of ExbB-ExbD. These preliminary successes have formed the basis for the pursuit of ExbB-ExbD complex structure determination by lipid-based crystallization, a key to understand scarce nutrient import in Gram-negative bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».