EMERGENCE AND MECHANISMS OF MULTI-DRUG RESISTANT MICROORGANISMS IN PATIENTS AT HIGH RISK FOR ANTIMICROBIAL RESISTANCE
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial resistance (AMR) poses a substantial threat to public health and clinical medicine. By 2050, it’s predicted that AMR will be responsible for a yearly mortality rate of 10 million people, surpassing the mortality of cancer. Despite this daunting future we face, there are many efforts currently employed to combat the growth of AMR. One significant effort involves surveillance and early identification of novel resistant bacteria circulating in high antibiotic exposure environments. The second chapter of this thesis focuses on sampling 25 patients from a hospital environment, rich with antibiotics, to build a collection of AMR bacteria that will be tested and added to surveillance efforts/future study. This chapter allowed for the identification of several worrying AMR bacteria that provide greater insights into circulating AMR in Canadian hospitals and their patients. From the AMR collection created in chapter 2, we are also able to advance our scientific understanding of how antibiotic resistance develops within us and causes issues with treatment. In chapter 3, we looked at the effects of antibiotic administration routes on the level of AMR observed in our patient sample. We saw that current approaches to limit selection for AMR in the gut still resulted in clinically significant and concerning increases in AMR. Furthermore, this chapter allowed greater understanding of contributors to increased AMR in patients. AMR increases are not fully explained by exposure/colonization in hospital settings, but also by evolution of AMR originating from non-resistant bacteria in the gut. Additionally, analysis of these bacteria will inform expected AMR evolutionary trajectories and help us plan against them. During analysis of patient data, we also came across evolution of a less understood resistance phenotype, hetero-resistance, to a very important antibiotic, colistin. We investigated a commonly prescribed antifungal, fluconazole, for its ability to promote this resistance phenotype; however, it appeared that fluconazole did not promote this phenotype. Ultimately, this thesis serves as a valuable reservoir of AMR bacteria for future study and contributes to a greater understanding of AMR development in patients, one day leading to more informed clinical decision making.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».