First environmental isolation of Cryptococcus gattii serotype Bfrom Cucuta Colombia
Notice bibliographique
Résumé
Introduction In Cucuta Cryptococcus gattii serotype B is commonly recovered from immunocompetent patients with cryptococcosis but it has not been recovered from the environment in spite of its high incidence which is 77 out of reported casesObjective The aim of this work was to carry out an extensive environmental sampling in Cucuta in an attempt to isolate C gattii serotype B and to expand our knowledge about the ecology and epidemiology of this important yeastMaterials and methods Samples associated with 3634 trees from 40 zones of Cucuta were collected and processed with 28 samples collected near the houses of four patients with cryptococcosis caused by C gattii serotype B The serotype of the recovered isolates was done using multiplex PCR molecular patterns were determined by RFLP of the URA5 gene and mating type was determined using the primers Mfy945U Mfy945L MFa2U and MFa2LResults In total 4389 samples were processed and one isolate of C gattii serotype B VGIa two isolates of C gattii serotype C VGIIIy945 and three isolates of C neoformans var grubii serotype A VNIy945 were recovered The density of the recovered isolates varied from 50 to 350 cfug of soilConclusions This is the first report on the environmental isolation of C gattii serotype B from Cucuta However because of the low rate of recovery of isolates from soil only the environmental niche of C gattii has not been established and further environmental studies in Cucuta are necessary owing that this serotype is not only causing cryptococcosis but also has shown a higher virulence after the Vancouver outbreak
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».