Functional analysis of gene regulation in oligodendrocyte progenitor cells
Notice bibliographique
Résumé
Myelin is elaborated in the Central Nervous System (CNS) by oligodendrocytes and is essential for rapid action potential conduction. During embryogenesis and early postnatal stages of CNS development, oligodendrocyte progenitor cells (OPCs) proliferate and migrate in response to platelet derived growth factor-A (PDGF-A), the ligand for PDGFRa. This study describes the identification of regulatory elements and potential corresponding transcription factors controlling PDGFRa expression in OPCs, which will contribute to a better understanding of oligodendroglial lineage specification including OPC proliferation, migration and final maturation. Based on previous studies, the enhancer(s) driving expression in oligodendrocytes was only known to be located somewhere within a 380kb yeast artificial chromosome (YAC). To refine the search, a transgenic mouse line containing a bacterial artificial chromosome (BAC), containing a lacZ reporter gene, was generated. The lacZ reporter gene was inserted into the BAC, using a recombineering strategy. This line contains an 87kb BAC (CTD-2243G22) that starts –16kb upstream of the transcription start site, and ends +2kb downstream of the 3'UTR. It demonstrates robust lacZ expression in brain regions where OPCs originate. Based on interspecies sequence comparison and the presence of relevant transcription factor binding sites, such as for Sox and oligs, four candidate non-protein coding modules were identified within the 87kb defined by the BAC. These modules are being evaluated for in vivo function in the context of lacZ reporter genes docked at the hypoxanthine phosphoribosyl transferase (HPRT) locus. One of these constructs, which contains 600bp of intron 21 of the PDGFRa gene, shows a similar pattern of expression to the BAC, suggesting that the sequence containing the OPC enhancer may have been captured out of a 380kb region. Deletions have been made in this 600bp, to discover which eleme
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».