Germline variation in inflammation-related pathways and risk of Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Objective: Esophageal adenocarcinoma (EA) incidence has risen sharply in Western countries over recent decades. Local and systemic inflammation is considered an important contributor to EA pathogenesis. Established risk factors for EA and its precursor, Barrett’s esophagus (BE), include symptomatic reflux, obesity, and smoking. The role of inherited genetic susceptibility remains an area of active investigation. Here, we explore whether germline variation related to inflammatory processes influences susceptibility to BE/EA. Design: We used data from a genome-wide association study (GWAS) of 2,515 EA cases, 3,295 BE cases, and 3,207 controls. Our analysis included 7,863 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 449 genes assigned to five pathways: cyclooxygenase (COX), cytokine signaling, oxidative stress, human leukocyte antigen, and NFB. A principal components-based analytic framework was employed to evaluate pathway-level and gene-level associations with disease risk. Results: We identified a significant signal for the COX pathway in relation to BE risk (P=0.0059, FDR q=0.03), and in gene-level analyses found an association with MGST1 (microsomal glutathione-S-transferase 1; P=0.0005, q=0.005). Assessment of 36 MGST1 SNPs identified 14 variants associated with elevated BE risk (q<0.05). Four of these were subsequently confirmed (P<5.5 × 10-5) in a meta-analysis encompassing an independent set of 1,851 BE cases and 3,496 controls, and are known strong eQTLs for MGST1. Three such variants were associated with similar elevations in EA risk. Conclusion: This study provides the most comprehensive evaluation of inflammation-related germline variation in relation to risk of BE/EA, and suggests that variants in MGST1 influence disease susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».