Host range and genetic characterization of the stem and bulb nematode, «Ditylenchus dipsaci», from Eastern Canada
Notice bibliographique
Résumé
The stem and bulb nematode, Ditylenchus dipsaci, is a plant-parasitic nematode responsible for major economic loss worldwide.A wide host range, reaching more than 500 plants species and the presence of more than 30 biological races defined by their host preference, make this species one of the most difficult nematodes to manage.Since 2011, garlic producers from Ontario and Quebec have been particularly affected with economic losses caused by this pest.An appropriate extraction method is essential for the detection of the nematode.However, the extraction efficacy will be influenced by many factors such as the nematode species (size and motility), the material to be diagnosed (soil or plants tissues) and the type of soil or plants tissues.Therefore, many different methods exist, each with their own advantages and disadvantages.Three extraction methods (Baermann pan, Baermann funnel and sonication) were compared for the extraction of nematodes from garlic bulbs, stems and leaves.Three methods (Baermann pan, Baermann funnel and sugar flotation) were also tested on four types of soil sample.This study confirmed the efficiency of the Baermann pan with D. dipsaci, both with soil and plant tissue samples.Reproduction of D. dipsaci on a particular host depends on its biological race, which was unknown for the populations of eastern Canada.In this study, the host range of four populations of D. dipsaci from Quebec and Ontario was determined in a greenhouse test on 11 crops.Garlic, onion and green onion showed great susceptibility to the nematode while reproduction on potato was poor.No development was observed on corn, soybean, barley, alfalfa, mustard, carrot, and lettuce.These plants could therefore be used in rotation crops in a control program.Finally, thirty-two populations of D. dipsaci were genetically characterized using genotyping-by-sequencing.Comparison of allele frequencies at 481 SNPs showed that most of the populations had a genotype similar to a reference population from northern Ontario.However, a sample from eastern Quebec exhibited a very distinct genotype and will require further phenotyping in the greenhouse to preclude the possibility of a different race.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».