An integrative approach to studying speciation in a recent adaptive radiation
Notice bibliographique
Résumé
Alcolapia cichlid fishes are a small and exceptionally young species flock native to extreme soda lakes Natron (3 species) and Magadi (1 species) in East Africa. Previous research discovered narrow genomic divergence, overlapping niches and widespread interspecific gene flow, indicating that Alcolapia are at the nascent stages of speciation. We employed an integrative approach to study different mechanisms underlying their speciation. To investigate premating isolation, we characterised the strength of assortative mate choice between species using laboratory mating trials. Mating was similarly partially assortative between sympatric and allopatric species, suggesting that reproductive barriers can emerge or be maintained without recent gene flow. Next, to dissect the extent of dietary specialization among sympatric species, we characterised the cryptic diversity in the Alcolapia diet and gut microbiota using a metabarcoding approach. Alcolapia were found to lack some core microbial taxa found in other cichlids, but were enriched in extremophile taxa, suggesting that the hostile conditions may influence gut microbe communities. Sympatric species substantially overlap in their diet and gut microbial communities, and the small but significant differences indicated that while species differentially target certain trophic resources, they predominantly feed on the same sources using alternative foraging modes. Finally, we used genomic datasets to highlight extensive historical and ongoing gene flow between the species. Demographic models supported the paraphyly of the Natron species, with the Alcolapia common ancestor occurring before the Magadi-Natron split, suggesting a complex pattern of population structuring and hybridization even in this small radiation of fishes. Taken together, our findings indicate that a combination of ecological, sexual, and historical processes are involved in Alcolapia speciation. These results support a growing literature finding that reproductive isolation between sympatric species is driven by multiple mechanisms acting in concert.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».