Investigation of Genetic Variation in the Collagenous Lectins of Livestock with and without Infectious Diseases
Notice bibliographique
Résumé
Infectious diseases in livestock are a major source of economic loss, decreased welfare, and antimicrobial usage. Typical interventions rely on treatment of the host and/or environmental modifications to reduce pathogen exposure and disease occurrence and/or severity. Various host genetic factors influence the resistance of animals to infectious diseases. In particular, mutations in genes of the immune system can alter disease susceptibility. Collagenous lectins (CLs) are pattern recognition receptors of the innate immune system that contribute to disease resistance by binding surface glycans of bacteria and other potentially pathogenic organisms. Studies in humans and animals have shown that mutations in certain CL genes are associated with infectious diseases. The main objectives of this thesis were to further investigate genetic variation in CLs in cattle, horses, and pigs, and their relationship to infectious disease resistance. Pooled, targeted next-generation sequencing of the CL genes identified 43 missense mutations in cattle, 11 of which were predicted to impact protein structure. In horses, 1 nonsense and 43 missense mutations were identified, including 14 predicted to be functionally relevant. In particular, one missense mutation in the collagen-like domain of MBL1 was found that is similar to a triple-helix disrupting mutation in human MBL2 associated with susceptibility to infectious disease. Allele frequencies were compared to identify alleles (74 in cattle, 113 in horses) associated with infectious diseases. Additional in silico analysis of the equine variants associated with infectious diseases identified 2 variants predicted to impact miRNA binding, 8 variants that impacted transcription factor binding sites, and 1 missense variant. In pigs, expression quantitative trait locus (eQTL) analysis identified 298 eQTLs in innate immune genes, 74 of which were genotyped in 1013 pigs (592 healthy, 421 with infectious disease). Variants that altered expression of these genes were associated with Mycoplasma, E. coli, swine influenza virus, and porcine reproductive and respiratory syndrome virus infection. These studies identified polymorphisms in CL genes that are associated with infectious diseases of livestock. These alleles represent potential candidates for genetic selection for enhanced resistance to infectious diseases of livestock, and expand our understanding of the roles of collagenous lectins in innate immunity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».