Mutational analysis of the left end region of fowl adenovirus 9 genome
Notice bibliographique
Résumé
The role of early genes during adenovirus infection has not been much studied for fowl adenoviruses (FAdVs) as opposed to that of human adenoviruses. The open reading frame (ORF) organization and early gene functions of the right end of the FAdV genome have been more studied than those of the left end region. This study, therefore, was aimed to uncover the features of the left end region of FAdV serotypes representing species 'C, D' and 'E' through nucleotide sequencing and examine the involvement of this region in virus replication through deletions using FAdV-9 as a model. Homologues to FAdV-1 and -9 left end ORFs with some variations in their content were found in the analyzed FAdV genomes. Two clusters consisting of ORFs with rightward (ORFs 1, 1A, 1B, 1C and 2) and leftward (ORFs 24, 14, 13 and 12) orientations were found as reported for the FAdV-1 and -9 left end regions. ORFs 1 and 2 were the most conserved among the analyzed FAdVs suggesting their importance during virus replication. Deletions at nucleotides (nts) 400-2782 at the left end of the FAdV-9 genome generated viable viruses (FAdV-9[Delta]s) upon transfection: FAdV-9[Delta]1 ([Delta]1,194-2,342), -9[Delta]2 ([Delta]854-2,782), -9[Delta]4 ([Delta]491-2,782), and -9~7 ([Delta]400-2,782). In contrast, viral genomes with deletions upstream nt 400 and/or downstream nt 2782 were non-viable. The putative packaging motifs VI and VII and the rightward ORFs, missing in FAdV-9[Delta]7, were dispensable for virus replication 'in vitro'. Recombinant viruses carrying the enhanced-green fluorescent protein (EGFP), FAdV-9[Delta]1-EGFP and -9[Delta]4-EGFP (rFAdV[Delta]s), were generated from FAdV-9[Delta]1 and -9[Delta]4, respectively. FAdV-9[Delta]s and rFAdV-9[Delta]s had wild-type growth kinetics and titres 'in vitro'. However, FAdV-9[Delta]4 or FAdV-9[Delta]4-EGFP, selected for 'in vivo' studies, seemed to replicate less efficiently in the host based on significantly lower antibody response, titres in the feces and viral genome copy number in the analyzed tissues compared to those from chickens inoculated with the wild-type virus. This is the first study demonstrating that the left end region of the viral genome is required for efficient virus replication 'in vivo' and thus further research should be conducted to understand the role of each ORF.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».