Revue systématique sur les valeurs estimées de paramètres influençant la détection de la tuberculose bovine chez les cervidés d’élevage
Notice bibliographique
Résumé
La tuberculose bovine est une maladie zoonotique se transmettant principalement par inhalation. C’est une maladie qui peut avoir des répercussions économiques (ex : saisie d’un animal infecté à l’abattoir) et sur les échanges commerciaux, car les pays peuvent bannir l’importation des animaux provenant des pays touchés par cette maladie. Au Canada, le contrôle de cette maladie a commencé en 1923 chez les bovins et a ensuite été appliqué chez les cervidés depuis 1989. Ce programme est composé par la surveillance, la réponse aux éclosions, ainsi que le contrôle des mouvements des cervidés. La capacité de détecter cette maladie lors des activités de surveillance est influencée par la performance des méthodes diagnostiques utilisées à chaque étape de la surveillance. À l’abattoir, la surveillance est effectuée par l’inspection visuelle post-mortem et par différentes procédures diagnostiques réalisées sur des prélèvements de tissus anormaux (histopathologie, réaction de polymérisation en chaîne (PCR) ou culture bactérienne). Chez le cervidé vivant, la surveillance est plutôt réalisée par des tests cutanés ou sérologiques. L’objectif principal de ce projet était de fournir, à travers une revue systématique de littérature, les estimés des valeurs des principaux paramètres pouvant influencer la probabilité de détection de la tuberculose bovine dans un contexte de surveillance de cette maladie à l’abattoir chez les cervidés d’élevage et chez les cervidés vivants. Les études qui ont estimé la probabilité de présence des lésions macroscopiques ont trouvé qu’elle variait de 20% à 100% alors que la probabilité de détection des lésions tuberculeuses était supérieure ou égale à 90%. L’estimé de la sensibilité des tests diagnostiques pouvant être utilisés pour la détection de la tuberculose bovine à l’abattoir (histopathologie, PCR et culture) variait de 63.6% à 98.6%. Chez les animaux vivants, les tests sérologiques et sanguins avaient une sensibilité qui variait de faible à élevée (1.4% à 100.0%) alors que les tests cutanés avaient une sensibilité qui variait de 65.0% à 100.0%. Comme le stade de la maladie (temps depuis l’infection) influence la sensibilité de la majorité des tests diagnostiques et que ce facteur n’a généralement pas été rapporté par les études, la performance de ces tests peut difficilement être comparée. La prévalence de la tuberculose estimée lors des études transversales ou de contrôle de la maladie était faible (prévalence au niveau animal au sein d’un troupeau). Une étude effectuée au Canada sur les facteurs de risque de la tuberculose bovine chez les cervidés d’élevage a constaté que l’augmentation de la taille du troupeau était associée à une augmentation du risque de positivité (du troupeau) à la tuberculose bovine. Ces informations sur la performance et les limites des méthodes diagnostiques sont essentielles pour orienter le choix du test diagnostique et pour permettre l’évaluation de la sensibilité des activités de surveillance
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».