Synthesis of 4-acetamidohexoses in bacteria: structural insights from the bacillosamine and nonulosonic acid pathways
Notice bibliographique
Résumé
Many hexose sugars in bacteria undergo a variety of modifications, including oxidation/reduction, amination and acetylation, as part of biosynthesis into their final biologically-active forms. Enzymes that catalyze these reactions normally utilize nucleotide-linked sugar substrates, utilizing the nucleotide as an 'ancient handle' to bind and orient the sugar within the enzymes' active site. We and others have focused efforts on elucidating structure-function relationships for a subset of such biosynthetic enzymes, those associated with the synthesis of trideoxy-diacetamidohexoses, and the nonulsonate sugars subsequently derived from them. With structural information combined with site-directed mutagenesis, enzymatic analysis and molecular modeling, these studies have been essential to understanding the chemistry of how these enzymes bind their substrates and effect catalysis. Enzymes having different folds, such as N-acetyltransferases, can utilize different scaffolds to attain the same 4-acetamido-sugar product. In the case of dehydratases/epimerases and aminotransferases, the enzymes have a conserved structure, but utilize subtle differences within their active site to confer substrate binding and the nature of the final product. These studies depict the structural relationships between these enzymes, while at the same time high-lighting important differences that are beginning to reveal their function at the molecular level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».