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Enregistrement W6987739191

Tuning the Biological Properties of Spherical Nucleic Acids with Phosphate Backbone Modified Oligonucleotides

2023· dissertation· en· W6987739191 sur OpenAlexfundno aff

Notice bibliographique

RevueMacSphere (McMaster University) · 2023
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchMcMaster University
Mots-clésPhosphodiester bondNucleic acidOligonucleotidePhosphoramidateNucleaseDNAPhosphateCationic polymerizationMacromoleculeCell
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The increasing number of nucleic acid-based therapeutics demonstrates the potential to treat diseases at the genetic level. Although oligonucleotides show clinical potential, challenges remain including nuclease degradation, rapid clearance when administered systemically, low cell permeability, and limited distribution to tissues of interest. This is largely imparted by the polyanionic phosphate backbone, which produces unfavourable electrostatic interactions at cell membranes. As a result, their clinical translation is dependent on delivery technologies that improve stability, facilitate cell entry, and increase target affinity. Spherical nucleic acids (SNAs) consist of radially orienting linear nucleic acids onto a nanoparticle core, conferring them a three-dimensional, spherical architecture. These structures enter cells readily and display distinct properties that are independent of their nanoparticle core. Accordingly, we decided to replace the intrinsically anionic phosphodiester linkage of DNA with a phosphoramidate linkage (P-N), allowing us to incorporate new functionality at the phosphate backbone. With this handle, we inserted cationic and hydrophobically modified functional groups that were compatible with nanoscale architectures, giving rise to new properties relevant in biological contexts. Specifically, amine and guanidinium derivatized functional groups provided SNAs with a ~10-fold increase in cell uptake at early incubation times compared with unmodified SNAs. This demonstrates that we can tune the behaviour of SNAs with phosphate backbone modifications in a highly controlled manner. We hypothesize that the stringent control over location and placement of functional groups within the SNA framework will afford them favourable interactions at cell membranes, not only increasing their cell uptake, but also access to alternative uptake mechanisms and potency as therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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